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futing1229

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】heme中三价铁的力场参数已有4人参与

最近遇到一个问题，在处理heme时，其中的铁为正三价时，力场参数怎么确定？
amber 里的铁是二价。不知道其他哪些软件里包含三价铁？
谢谢！

[ Last edited by futing1229 on 2010-10-8 at 16:35 ]

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1楼 2010-10-08 15:30:16

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)

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★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-31 08:27:53

铁的极化很强，看成背景电荷好像。。。

引用回帖:

Originally posted by z5476t4508 at 2010-10-21 16:34:32:
可不可以这样呢？

然后把heme中的铁拿掉，然后加个背景电荷（3+）在gaussian中优化，单点并用 resp 得到参数，把Fe和拿掉Fe的heme看成两个残基load到leap里面，生成prmtop文件

如果跑动力学有问题的话可以先 ...

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