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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于gromacs残基不识别的问题
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-10 19:17:17
请问是不是要在gromos43a1.ff文件里加methanes.itp文件啊，是要自己编写.itp文件吗？...

不是，力场本身就带有CH4这种粗粒化了的原子类型来代替甲烷，可以查看gromos43a1.ff中的atomtype文件。
实在不行加我吧 2209687362.我们再讨论
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aken5555
gromacs
11楼2014-09-10 19:47:38
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孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fangsteel at 2014-09-10 19:11:35
如果可以的话，把甲烷当做一个整体可以么，有些力场是有这个残基名字的，比方说CH4这种，既然你可以用联合原子模型，应该可以这么用...

可以当成一个整体哈，修改成这个样子后，系统提示Atom C1 in residue CH4 47 was not found in rtp entry CH4 with 1 atoms while sorting atoms.
ATOM    131  H1  SOL     44      -8.863  -6.498   4.242  1.00  0.00           H   
ATOM    132  H2  SOL     44      -8.846  -4.995   4.141  1.00  0.00           H   
ATOM    133  O   SOL     45     -10.370 -11.708   3.687  1.00  0.00          O   
ATOM    134  H1  SOL     45     -10.014 -10.888   3.282  1.00  0.00         H   
ATOM    135  H2  SOL     45      -9.803 -11.777   4.485  1.00  0.00          H   
ATOM    136  O   SOL     46      -1.248 -11.771   3.740  1.00  0.00          O   
ATOM    137  H1  SOL     46      -1.456 -11.015   3.149  1.00  0.00          H   
ATOM    138  H2  SOL     46      -0.267 -11.746   3.746  1.00  0.00          H   
ATOM    139  C1   CH4    47      -5.422   0.024   3.023  1.00  0.00           C
ATOM    140  C2   CH4    48      -6.142   0.286   8.925  1.00  0.00           C
ATOM    141  C3   CH4    49      -2.801   6.039  -0.315  1.00  0.00           C
ATOM    142  C4   CH4    50      -8.785   6.095   0.358  1.00  0.00           C
ATOM    143  C5   CH4    51      -0.015   3.173   5.591  1.00  0.00           C
ATOM    144  C6   CH4    53     -11.710   9.108   6.327  1.00  0.00           C
ATOM    145  C7   CH4    54      -5.781   6.102   5.891  1.00  0.00           C
ATOM    146  C8   CH4    55       0.172   0.133   0.021  1.00  0.00           C
TER
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12楼2014-09-10 19:49:22
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wgz_tju

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-10 19:49:22
可以当成一个整体哈，修改成这个样子后，系统提示Atom C1 in residue CH4 47 was not found in rtp entry CH4 with 1 atoms while sorting atoms.
ATOM    131  H1  SOL     44      -8.863  -6.498   4.242  1.0 ...

楼主问题解决了吗？
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13楼2014-10-08 19:38:59
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gvtk

新虫 (初入文坛)
请问楼主解决了吗？谢谢你呀~~

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14楼2018-03-20 15:18:21
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青青白白123

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2014-09-09 17:00:21
用的力场是什么力场？体系是不是合适用粗粒化的方法？...

您好，我现在也遇到这个问题，在MS中手动画出了全原子模型，但是在粗粒化的时候，氨基酸的残基的名字不能识别啊，而且我的氨基酸有十几个，每个残基名字都去修改的话也对应不起来，，请问怎么办呢？
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15楼2019-03-15 10:11:42
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aken5555

木虫 (正式写手)
送红花一朵
楼主您好，我是gromacs的新手，我目前也遇到了您帖子中说的这个问题：我建立了 甲烷和水分子 的PDB文件，但在用pdb2gmx文件生成gro和top时，也提示残基CH4不识别。我查了好多天的资料，也没弄明白甲烷粗粒化模型的OPLS力场设置，请问您是怎么修改或设置的啊，请不吝赐教，谢谢！
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16楼2020-02-07 18:20:53
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aken5555

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by fangsteel at 2014-09-10 19:47:38
不是，力场本身就带有CH4这种粗粒化了的原子类型来代替甲烷，可以查看gromos43a1.ff中的atomtype文件。
实在不行加我吧 2209687362.我们再讨论...

层主您好，我是gromacs的新手，我目前也遇到了这个帖子中说的这个问题：我建立了 甲烷和水分子 的PDB文件，但在用pdb2gmx文件生成gro和top时，也提示残基CH4不识别。我查了好多天的资料，也没弄明白甲烷粗粒化模型的OPLS力场设置，请问您是怎么修改或设置的啊，请不吝赐教，谢谢！
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17楼2020-02-07 18:22:32
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冷血孤峰

银虫 (小有名气)
到库文件中去修改就可以了，或者导入新的库文件，但新手不建议

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18楼2020-05-19 08:44:28
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