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dxl20132009

铜虫 (小有名气)

[求助] amber 里生成pdb文件的命令 已有2人参与

我想看看跑完平衡后的结构,但是没有pdb文件,只有rst文件,看教程里说用AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.inpcrd > polyAT_wat.pdb,但是我输入后没有反应,怎么回事?能不能在跑平衡的脚本里加上一些关键词什么的,让它算完后,把最后一帧的结构转化为pdb格式的文件?
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smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导! 2014-07-16 15:55:06
本帖内容被屏蔽

2楼2014-07-09 13:03:19
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-07-09 13:03:19
echo $AMBERHOME
看看打印出什么

什么都没有啊
3楼2014-07-09 16:47:04
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smutao

禁虫 (著名写手)


dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导! 2014-07-16 15:55:14
本帖内容被屏蔽

4楼2014-07-09 17:27:10
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-07-09 17:27:10
那就是AMBERHOME变量没设置好...

谢谢哈!我还想再问您一下,安装amber12的时候,走到第二步:2.sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev ,这个是什么意思啊?求赐教,非常感谢
5楼2014-07-09 20:51:27
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wiggle

金虫 (正式写手)

AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.inpcrd > polyAT_wat.pdb

输入
AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.rst > polyAT_wat.pdb
试试
6楼2014-08-07 15:06:11
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by dxl20132009 at 2014-07-09 20:51:27
谢谢哈!我还想再问您一下,安装amber12的时候,走到第二步:2.sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev ,这个是 ...

你这是ubuntu下的安装教程吗?共享一下吧。这一步命令是用apt-get这个软件下载安装编译amber12所需要的编译器和软件包,sudo命令的意思你应该知道的吧~~
7楼2014-08-07 16:01:28
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chaohao2010

新虫 (初入文坛)

不知道你问题解决了吗,可以用cpptraj导出的,不管rst还是crd文件都行。
8楼2016-03-03 09:28:51
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面麻控

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by chaohao2010 at 2016-03-03 09:28:51
不知道你问题解决了吗,可以用cpptraj导出的,不管rst还是crd文件都行。

求问怎么做的啊,新手刚开始用amber

发自小木虫IOS客户端
9楼2017-07-22 09:09:37
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