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请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法？
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| 我用amber跑完的轨迹，想看看蛋白质二级结构是怎么变的。。 |
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【答案】应助回帖
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-27 08:39:28
lingogo: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-07-30 18:48:58
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| 楼主可以考虑DSSP. 这里是链接http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ |
2楼2013-07-27 02:00:28
3楼2013-07-28 13:53:37
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xuxm03
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#vmd默认使用stride计算蛋白二级结构，这里给出vmd提出dssp计算的二级结构并输出到一个文件中用于作图，文件输出格式类似Amber的输出格式，其中X代表不规则卷曲或者loop，将以下代码保存为test.tcl可以直接在终端下运行以下命令： #vmd test.psf test.dcd -dispdev text -e test.tcl #如果是amber的拓扑文件和轨迹则为 #vmd -parm7 test.prmtop -crdbox test.mdcrd -dispdev text -e test.tcl #输出的文件为sec4traj.txt 1 # dealing with data in DSSP file 2 proc myproc1 {a b framei} { 3 # creat a empty list 4 set newsecdata 5 set linenumber 0 6 foreach a $b { 7 incr linenumber 8 if {[string equal [string index $a 2] #]} { 9 puts "The line number is $linenumber" 10 set secdata [lrange $b $linenumber end] 11 # puts $secdata 12 foreach secinfo $secdata { 13 set sectype [string index $secinfo 16] 14 if {[string is space $sectype]} then { 15 lappend newsecdata X 16 } else { 17 lappend newsecdata $sectype 18 } 19 } 20 } 21 } 22 set mynewsecdata [join $newsecdata \t] 23 set secdataframe [linsert $mynewsecdata 0 $framei] 24 puts $secdataframe 25 set sectraj [open sec4traj.txt a] 26 puts $sectraj $secdataframe 27 close $sectraj 28 } 29 30 # generate each frame pdb file and analyze secondary structure with dssp 31 set n [molinfo top get numframes] 32 puts "===Analysis number of frames: $n" 33 set myprotein [atomselect top protein] 34 #write resids 35 set myresids [lsort -integer -unique [$myprotein get resid]] 36 37 set sectraj [open sec4traj.txt w] 38 puts $sectraj $myresids 39 close $sectraj 40 41 #analysis of frames 42 for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } { 43 $myprotein frame $i 44 $myprotein update 45 $myprotein writepdb myptrotein_$i.pdb 46 exec mkdssp -i myptrotein_$i.pdb -o myptrotein_$i.dssp 47 48 set dsspfile [open myptrotein_$i.dssp r] 49 set dsspline [read $dsspfile ] 50 set dsspdata [split $dsspline \n] 51 close $dsspfile 52 myproc1 splitdata $dsspdata $i 53 54 55 file delete myptrotein_$i.pdb 56 file delete myptrotein_$i.dssp 57 } |
7楼2013-08-01 18:10:33
8楼2017-02-22 21:00:34
