| 查看: 4632 | 回复: 7 | ||
[求助]
怎样进行蛋白质高级结构的比对分析
|
|
毕设指导老师说要结合蛋白质高级结构进行比对分析，如果进行氨基酸的序列比对后找不出规律性，应该用什么软件结合高级结构进行分析？ 另外，怎样获得序列文件，我到NCBI上查到序列后，只能粘贴到TXT中，怎样获得可用于比对软件的格式文件 |
回复此楼» 猜你喜欢
0703 物理化学调剂
已经有5人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有7人回复
-
0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投
已经有7人回复
-
308求调剂
已经有3人回复
-
本人考085602 化学工程 专硕
已经有10人回复
-
焦虑
已经有9人回复
-
0856求调剂
已经有3人回复
-
283求调剂
已经有11人回复
-
深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿）
已经有8人回复
-
0703化学调剂
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 蛋白质结构域的分析
已经有4人回复
- 蛋白质功能结构域保守性分析图
已经有7人回复
- 急求序列结构分析
已经有9人回复
- 蛋白质二级结构红外测定
已经有15人回复
- 蛋白质二级结构、三级结构的预测
已经有8人回复
- 蛋白质二级结构预测
已经有9人回复
- 蛋白质高级结构预测
已经有8人回复
- 急求：得到蛋白质后，想对其进行二级结构的检测，求方法和机构
已经有9人回复
- 蛋白质3-d 结构预测
已经有3人回复
- 蛋白质二级结构分析
已经有12人回复
- 【求助/交流】如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?
已经有9人回复
- 【求助】清楚的蛋白质二级结构图
已经有6人回复
- 【分享】蛋白质结构预测流程
已经有32人回复
- 【求助/交流】菜鸟求助，如何由蛋白质的一级结构得到三级结构？
已经有12人回复
- 【求助/交流】请教多个蛋白质序列比对显示保守区域的问题
已经有9人回复
- 【讨论】同一蛋白质分成不同部分建模得到的结构如何生成一个结构?
已经有9人回复
zhen_fang
银虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1330.4
- 散金: 28
- 红花: 2
- 帖子: 447
- 在线: 70.3小时
- 虫号: 1361814
- 注册: 2011-08-05
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
2楼2013-03-18 18:45:52
3楼2013-03-18 18:56:03
月月大可
木虫 (著名写手)
- BioEPI: 2
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 3272.1
- 散金: 1393
- 红花: 17
- 帖子: 1674
- 在线: 295.7小时
- 虫号: 549127
- 注册: 2008-04-20
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 分析的很到位 2013-03-19 08:20:31
fantasycrane: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-03-21 16:41:26
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 分析的很到位 2013-03-19 08:20:31
fantasycrane: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-03-21 16:41:26
|
我只给你框架。 把你找到的AA放在pdb数据库比对，如果你要比对的两个蛋白结构已经解析，恭喜你。下载pdb文件，放在pymol中比对。我当年用的wincoot，我也跟喜欢用coot。可以选择叠加某一段或者结构整体比较。 如果结构没有被解析，你只能找同源度最近的去做。 另外告诉你如果两个蛋白AA同源度超过40%，大多数时候空间结构都会很像。如果你的两个蛋白在AA序列层面已经超过40%，呵呵，那你就只能看看剩下的差异在那里，去讲具体两个蛋白的差别了。 再次读了你的问题，是高级结构，二级结构那就也算了，这个很多网站可以预测二级结构，比对较为简单。 其实如果两个蛋白的结构没有解析，你还可以利用同源结构在swiss-model里搭建自己的蛋白模型。如果你对这些毫无了解，有无他人指导，我都替你发愁该怎么去对比。 |
4楼2013-03-19 06:56:43
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
| 在NCBI的蛋白质页面中（其实是所有的页面都可以），比如http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/p04004，在内容的最开始有个display setting：右面的选项是GenPept，把它改为FASTA（Text), 选择另存为就可以得到fasta 格式的文件，可以用在绝大多数的生物软件中。 |
5楼2013-03-19 08:20:12
6楼2013-03-22 08:39:52
月月大可
木虫 (著名写手)
- BioEPI: 2
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 3272.1
- 散金: 1393
- 红花: 17
- 帖子: 1674
- 在线: 295.7小时
- 虫号: 549127
- 注册: 2008-04-20
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
7楼2013-03-22 19:33:13
8楼2018-02-03 08:35:34
20