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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎样进行蛋白质高级结构的比对分析
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fantasycrane

铁虫 (初入文坛)

[求助] 怎样进行蛋白质高级结构的比对分析

毕设指导老师说要结合蛋白质高级结构进行比对分析，如果进行氨基酸的序列比对后找不出规律性，应该用什么软件结合高级结构进行分析？
        另外，怎样获得序列文件，我到NCBI上查到序列后，只能粘贴到TXT中，怎样获得可用于比对软件的格式文件
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It'salonglife,wearenotdone.
1楼 2013-03-16 09:25:49
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
第一次听说蛋白质高级结构还可以比对分析。看来是我不学无术了
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2楼2013-03-18 18:45:52
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sdgxz

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与，以后最好解释的详细些。 2013-03-19 08:21:16
那需要有结构，如果有结构的话可以在pymol中进行比对
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3楼2013-03-18 18:56:03
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月月大可

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 分析的很到位 2013-03-19 08:20:31
fantasycrane: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-03-21 16:41:26
我只给你框架。
把你找到的AA放在pdb数据库比对，如果你要比对的两个蛋白结构已经解析，恭喜你。下载pdb文件，放在pymol中比对。我当年用的wincoot，我也跟喜欢用coot。可以选择叠加某一段或者结构整体比较。
如果结构没有被解析，你只能找同源度最近的去做。
另外告诉你如果两个蛋白AA同源度超过40%，大多数时候空间结构都会很像。如果你的两个蛋白在AA序列层面已经超过40%，呵呵，那你就只能看看剩下的差异在那里，去讲具体两个蛋白的差别了。

再次读了你的问题，是高级结构，二级结构那就也算了，这个很多网站可以预测二级结构，比对较为简单。
其实如果两个蛋白的结构没有解析，你还可以利用同源结构在swiss-model里搭建自己的蛋白模型。如果你对这些毫无了解，有无他人指导，我都替你发愁该怎么去对比。
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4楼2013-03-19 06:56:43
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在NCBI的蛋白质页面中（其实是所有的页面都可以），比如http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/p04004，在内容的最开始有个display setting：右面的选项是GenPept，把它改为FASTA（Text), 选择另存为就可以得到fasta 格式的文件，可以用在绝大多数的生物软件中。
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5楼2013-03-19 08:20:12
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fantasycrane

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月月大可 at 2013-03-19 06:56:43
我只给你框架。
把你找到的AA放在pdb数据库比对，如果你要比对的两个蛋白结构已经解析，恭喜你。下载pdb文件，放在pymol中比对。我当年用的wincoot，我也跟喜欢用coot。可以选择叠加某一段或者结构整体比较。
如果 ...

上面说的这些我基本了解，我的问题具体来讲：假如几种蛋白都是同一疾病的自身抗原，该怎样比较这几种蛋白的高级结构（比如说共有哪个功能集团）来发现它们的规律，也就是它们可以作为同一疾病抗原的共同特点？
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It'salonglife,wearenotdone.
6楼2013-03-22 08:39:52
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月月大可

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fantasycrane at 2013-03-22 08:39:52
上面说的这些我基本了解，我的问题具体来讲：假如几种蛋白都是同一疾病的自身抗原，该怎样比较这几种蛋白的高级结构（比如说共有哪个功能集团）来发现它们的规律，也就是它们可以作为同一疾病抗原的共同特点？...

呵呵，抗原都是一级结构就决定了。 有专门测算抗原的软件，输进去氨基酸序列，就分析出那些肽段了，不一定非要去比较三级结构。
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7楼2013-03-22 19:33:13
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Pauline诗

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月月大可 at 2013-03-19 06:56:43
我只给你框架。
把你找到的AA放在pdb数据库比对，如果你要比对的两个蛋白结构已经解析，恭喜你。下载pdb文件，放在pymol中比对。我当年用的wincoot，我也跟喜欢用coot。可以选择叠加某一段或者结构整体比较。
如果 ...

你好，请问怎么在PYMOL进行两个蛋白质空间结构的比对？我已经下好了这两个蛋白质结构的PDB文件
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8楼2018-02-03 08:35:34
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