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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白质3-d 结构预测
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 蛋白质3-d 结构预测

请教各位，已经知道氨基酸序列，怎么预测蛋白的3－D结构呢？
看文章大都是说(homology-based modeling by swiss-Model），网址是http://
cn.expasy.org，但是我上了这个网址也不知道怎么预测啊？
提交了氨基酸序列，最后返回来的结果说是

Your sequence has no similar sequence of known structure.
Sorry, the ESyPred3D server can not build a model for your query.

唉，郁闷啊！
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1楼 2011-06-04 22:12:21
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liuyu_sdili

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+5, EPI+1): 2011-06-07 18:44:01
“homology-based modeling by swiss-Model”中的“homology-based modeling”指的是“基于同源性的模拟”，比方说数据库中有甲蛋白的结构，而乙蛋白的同源性同甲比较高，这样我就可以利用这个网站通过甲蛋白来模拟乙蛋白的结构，注意，前提是数据库中必须有同你要做结构模拟的蛋白质同源的蛋白质，并不是随便给个氨基酸序列就能把结构整出来的~~~
从网站反馈的信息看，是你的序列同数据库中已知的结构没有相似的序列，所以不能给你做结构模拟~~~
P.S.我曾经读过一篇文献，作者吧两个来源不同的β-半乳糖苷酶的编码序列拼接到一起，表达了这个蛋白质，然后再用expasy做的结构模拟，当然前提也是数据库中有同源的蛋白质的结构~~~
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2楼2011-06-05 18:01:09
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墨香若水

木虫 (著名写手)
★
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
楼主google搜索 同源建模教程
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3楼2011-06-07 09:08:28
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无雪之冬

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+2): 欢迎常来生物综合版 2011-06-07 18:43:04
呵呵，我最近都在做整这个东东，我的是12mer的多肽，用ChemBioDraw Ultra 12.0这个软件的氨基酸工具可以构建多肽的结构，然后用ChemBio 3D里面的能量最小化工具优化出3D结构，我用的MM2和MMFF94算法，mopac老是不能用.
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4楼2011-06-07 16:12:13
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