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怎样进行蛋白质高级结构的比对分析
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毕设指导老师说要结合蛋白质高级结构进行比对分析，如果进行氨基酸的序列比对后找不出规律性，应该用什么软件结合高级结构进行分析？ 另外，怎样获得序列文件，我到NCBI上查到序列后，只能粘贴到TXT中，怎样获得可用于比对软件的格式文件 |
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【答案】应助回帖
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wizardfan: 金币+5, 分析的很到位 2013-03-19 08:20:31
fantasycrane: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-03-21 16:41:26
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我只给你框架。 把你找到的AA放在pdb数据库比对，如果你要比对的两个蛋白结构已经解析，恭喜你。下载pdb文件，放在pymol中比对。我当年用的wincoot，我也跟喜欢用coot。可以选择叠加某一段或者结构整体比较。 如果结构没有被解析，你只能找同源度最近的去做。 另外告诉你如果两个蛋白AA同源度超过40%，大多数时候空间结构都会很像。如果你的两个蛋白在AA序列层面已经超过40%，呵呵，那你就只能看看剩下的差异在那里，去讲具体两个蛋白的差别了。 再次读了你的问题，是高级结构，二级结构那就也算了，这个很多网站可以预测二级结构，比对较为简单。 其实如果两个蛋白的结构没有解析，你还可以利用同源结构在swiss-model里搭建自己的蛋白模型。如果你对这些毫无了解，有无他人指导，我都替你发愁该怎么去对比。 |
4楼2013-03-19 06:56:43
zhen_fang
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wizardfan
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
| 在NCBI的蛋白质页面中（其实是所有的页面都可以），比如http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/p04004，在内容的最开始有个display setting：右面的选项是GenPept，把它改为FASTA（Text), 选择另存为就可以得到fasta 格式的文件，可以用在绝大多数的生物软件中。 |
5楼2013-03-19 08:20:12
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