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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】同一蛋白质分成不同部分建模得到的结构如何生成一个结构?
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】同一蛋白质分成不同部分建模得到的结构如何生成一个结构? 已有8人参与

我对一个跨膜蛋白质psi-blast后（1-442AA），发现序列同源性不高，仅66-413AA有序列相似性很高的pdb结构用来建模，也就是说前面有接近65AA无法用同源建模方法来建模，我的思路是前面65AA采用线索(threading)法产生模型，66-413AA采用同源建模方法产生模型。现在的问题是怎么将得到的两个子模型合成一个完整的模型呢（1-442AA）？对这种蛋白质建模，大家有什么好的办法么？提示个思路


这种情形很常见，请大家畅所欲言
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1楼 2010-05-31 03:32:09
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qixingbao07

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-31 09:23:29
前面65AA采用线索(threading)法产生模型，
能不能讲讲具体是用什么软件做的，方法是什么。谢谢
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2楼2010-05-31 06:00:39
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-31 16:03:55
threading的软件很多，对于蛋白质的建模的软件，推荐一个网站，几乎收录了所有建模软件和在线服务器，http://expasy.org/tools/
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3楼2010-05-31 09:53:12
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chongchong11

至尊木虫 (著名写手)

Senior Engineer
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
新手，看看，这方面好像有点深！！！
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Nature+Science=Wisdom
4楼2010-05-31 22:35:52
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问你是怎么看的序列同源性？
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5楼2010-06-03 14:27:05
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
这个问题已经解决了，群里面高手太少了，水平比较差，还是自己想来的最快
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6楼2010-06-04 04:02:48
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kele31726696

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问你是如何解决的啊 ？
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7楼2010-06-28 10:33:09
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zjwonderful

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问题同上
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8楼2010-07-13 15:17:39
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cpuzzx

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我是新手，也遇到同样的问题，不知楼主现在解决了木有，简单的连接可能会造成错误的蛋白构象，是否符合他们的高级结构，这两部分连接时构象的取向如何定义，还望楼主赐教
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9楼2011-11-10 11:38:17
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-04 04:02:48
这个问题已经解决了，群里面高手太少了，水平比较差，还是自己想来的最快

请问楼主是怎么解决的，求教
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10楼2013-12-24 15:00:03
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