| 查看: 2094 | 回复: 9 | ||||
[交流]
【讨论】同一蛋白质分成不同部分建模得到的结构如何生成一个结构? 已有8人参与
|
|
我对一个跨膜蛋白质psi-blast后（1-442AA），发现序列同源性不高，仅66-413AA有序列相似性很高的pdb结构用来建模，也就是说前面有接近65AA无法用同源建模方法来建模，我的思路是前面65AA采用线索(threading)法产生模型，66-413AA采用同源建模方法产生模型。现在的问题是怎么将得到的两个子模型合成一个完整的模型呢（1-442AA）？对这种蛋白质建模，大家有什么好的办法么？提示个思路 这种情形很常见，请大家畅所欲言 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 精华帖转载 |
» 猜你喜欢
自荐读博
已经有8人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动
已经有4人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
已经有11人回复
- 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？
已经有14人回复
- 蛋白质高级结构预测
已经有8人回复
- 关于同源建模预测蛋白三维结构
已经有4人回复
- 关于两个蛋白质结构叠合的原理（或者相关的程序）
已经有12人回复
- 求一个认可度较高蛋白质二级结构预测软件
已经有1人回复
- 【分享】蛋白质结构预测流程
已经有32人回复
- 【求助/交流】菜鸟求助，如何由蛋白质的一级结构得到三级结构？
已经有12人回复
- 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？
已经有11人回复
qixingbao07
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 4
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4025.6
- 红花: 6
- 帖子: 595
- 在线: 164.1小时
- 虫号: 551931
- 注册: 2008-04-28
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2010-05-31 06:00:39
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-31 16:03:55
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-31 16:03:55
| threading的软件很多，对于蛋白质的建模的软件，推荐一个网站，几乎收录了所有建模软件和在线服务器，http://expasy.org/tools/ |
3楼2010-05-31 09:53:12
chongchong11
至尊木虫 (著名写手)
Senior Engineer
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 12207.4
- 散金: 12
- 红花: 6
- 沙发: 2
- 帖子: 1942
- 在线: 281.6小时
- 虫号: 964185
- 注册: 2010-03-07
- 性别: GG
- 专业: 金属材料表面科学与工程
4楼2010-05-31 22:35:52
britney137803
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 22595.7
- 散金: 376
- 红花: 2
- 帖子: 2538
- 在线: 206.7小时
- 虫号: 546166
- 注册: 2008-04-15
- 性别: MM
- 专业: 食品科学基础
5楼2010-06-03 14:27:05
6楼2010-06-04 04:02:48
kele31726696
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 5729.4
- 散金: 7
- 红花: 1
- 帖子: 331
- 在线: 49.2小时
- 虫号: 1016315
- 注册: 2010-05-11
- 性别: GG
- 专业: 药剂学
7楼2010-06-28 10:33:09
8楼2010-07-13 15:17:39
9楼2011-11-10 11:38:17
shuifen1108
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 802.8
- 散金: 50
- 红花: 8
- 帖子: 705
- 在线: 133.9小时
- 虫号: 903554
- 注册: 2009-11-15
- 性别: MM
- 专业: 基因表达调控与表观遗传学
10楼2013-12-24 15:00:03