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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】同一蛋白质分成不同部分建模得到的结构如何生成一个结构? 已有8人参与

我对一个跨膜蛋白质psi-blast后(1-442AA),发现序列同源性不高,仅66-413AA有序列相似性很高的pdb结构用来建模,也就是说前面有接近65AA无法用同源建模方法来建模,我的思路是前面65AA采用线索(threading)法产生模型,66-413AA采用同源建模方法产生模型。现在的问题是怎么将得到的两个子模型合成一个完整的模型呢(1-442AA)?对这种蛋白质建模,大家有什么好的办法么?提示个思路


这种情形很常见,请大家畅所欲言
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-31 16:03:55
threading的软件很多,对于蛋白质的建模的软件,推荐一个网站,几乎收录了所有建模软件和在线服务器,http://expasy.org/tools/
3楼2010-05-31 09:53:12
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qixingbao07

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-31 09:23:29
前面65AA采用线索(threading)法产生模型,
能不能讲讲具体是用什么软件做的,方法是什么。谢谢
2楼2010-05-31 06:00:39
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chongchong11

至尊木虫 (著名写手)

Senior Engineer


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
新手,看看,这方面好像有点深!!!
Nature+Science=Wisdom
4楼2010-05-31 22:35:52
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问你是怎么看的序列同源性?
5楼2010-06-03 14:27:05
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