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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】同一蛋白质分成不同部分建模得到的结构如何生成一个结构? 已有8人参与

我对一个跨膜蛋白质psi-blast后(1-442AA),发现序列同源性不高,仅66-413AA有序列相似性很高的pdb结构用来建模,也就是说前面有接近65AA无法用同源建模方法来建模,我的思路是前面65AA采用线索(threading)法产生模型,66-413AA采用同源建模方法产生模型。现在的问题是怎么将得到的两个子模型合成一个完整的模型呢(1-442AA)?对这种蛋白质建模,大家有什么好的办法么?提示个思路


这种情形很常见,请大家畅所欲言
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cpuzzx

铜虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我是新手,也遇到同样的问题,不知楼主现在解决了木有,简单的连接可能会造成错误的蛋白构象,是否符合他们的高级结构,这两部分连接时构象的取向如何定义,还望楼主赐教
9楼2011-11-10 11:38:17
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