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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法？
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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法？

我用amber跑完的轨迹，想看看蛋白质二级结构是怎么变的。。
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1楼 2013-07-22 16:33:49
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pataldington

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by lingogo at 2013-07-30 18:50:09
请问一下，dssp如何处理amber跑完的动力学轨迹，linux系统版本安装好可以用吗？...

DSSP可以输入pdb文件，输出每个氨基酸的二级结构。

所以先导出pdb，然后dssp处理，然后直接分析输出结果就行了。

最后可以画以下几种图：
1. 横坐标时间，纵坐标是残基号，用不同颜色表示不同二级结构
2. 每个时间点各种二级结构所占的比例，或者占初始此二级结构的比例
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6楼2013-07-31 12:04:20
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-27 08:39:28
lingogo: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-07-30 18:48:58
楼主可以考虑DSSP. 这里是链接http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/
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2楼2013-07-27 02:00:28
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caozx

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:15
蛋白质二级结构，可以用STRIDE
然后提取文件里的二级结构信息。
个人感觉比DSSP好用。
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3楼2013-07-28 13:53:37
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:13
vmd里面用的是stride的算法

[ 发自小木虫客户端 ]
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2013-07-29 16:39:22
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