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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法?

我用amber跑完的轨迹,想看看蛋白质二级结构是怎么变的。。
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pataldington

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by lingogo at 2013-07-30 18:50:09
请问一下,dssp如何处理amber跑完的动力学轨迹,linux系统版本安装好可以用吗?...

DSSP可以输入pdb文件,输出每个氨基酸的二级结构。

所以先导出pdb,然后dssp处理,然后直接分析输出结果就行了。

最后可以画以下几种图:
1. 横坐标时间,纵坐标是残基号,用不同颜色表示不同二级结构
2. 每个时间点各种二级结构所占的比例,或者占初始此二级结构的比例
6楼2013-07-31 12:04:20
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查看全部 8 个回答

emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-27 08:39:28
lingogo: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-07-30 18:48:58
楼主可以考虑DSSP. 这里是链接http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/
2楼2013-07-27 02:00:28
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caozx

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:15
蛋白质二级结构,可以用STRIDE
然后提取文件里的二级结构信息。
个人感觉比DSSP好用。
3楼2013-07-28 13:53:37
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:13
vmd里面用的是stride的算法

[ 发自小木虫客户端 ]
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
4楼2013-07-29 16:39:22
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