24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 4234  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法?

我用amber跑完的轨迹,想看看蛋白质二级结构是怎么变的。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pataldington

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by lingogo at 2013-07-30 18:50:09
请问一下,dssp如何处理amber跑完的动力学轨迹,linux系统版本安装好可以用吗?...

DSSP可以输入pdb文件,输出每个氨基酸的二级结构。

所以先导出pdb,然后dssp处理,然后直接分析输出结果就行了。

最后可以画以下几种图:
1. 横坐标时间,纵坐标是残基号,用不同颜色表示不同二级结构
2. 每个时间点各种二级结构所占的比例,或者占初始此二级结构的比例
6楼2013-07-31 12:04:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-27 08:39:28
lingogo: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-07-30 18:48:58
楼主可以考虑DSSP. 这里是链接http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/
2楼2013-07-27 02:00:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caozx

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:15
蛋白质二级结构,可以用STRIDE
然后提取文件里的二级结构信息。
个人感觉比DSSP好用。
3楼2013-07-28 13:53:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:13
vmd里面用的是stride的算法

[ 发自小木虫客户端 ]
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
4楼2013-07-29 16:39:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +9 家佳佳佳佳佳 2026-03-29 9/450 2026-03-30 17:30 by 给你你注意休息
[考研] 342求调剂 +4 加油a李zs 2026-03-26 4/200 2026-03-30 16:39 by 晶体之美
[考研] 291求调剂 +8 Y-cap 2026-03-29 9/450 2026-03-30 16:10 by Wang200018
[考研] 324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-26 11/550 2026-03-30 14:27 by JourneyLucky
[考研] 0703化学 +14 妮妮ninicgb 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:46 by fangnagu
[考研] 375求调剂 +6 雨夏整夜 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:21 by herarysara
[考研] 0856求调剂 +8 楒桉 2026-03-28 8/400 2026-03-30 10:00 by wzy-lxz
[考研] 085404求调剂,总分309,本科经历较为丰富 +6 来财aa 2026-03-25 6/300 2026-03-30 09:48 by 青海小西牛
[考研] 085600,材料与化工321分求调剂 +10 大馋小子 2026-03-28 10/500 2026-03-29 23:35 by 飞行日记西
[考研] 学硕274求调剂 +9 Li李鱼 2026-03-26 9/450 2026-03-28 21:42 by bymhappy
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +8 曼111 2026-03-24 9/450 2026-03-28 07:58 by YYYYX1234
[考研] 315分求调剂 +7 26考研上岸版26 2026-03-26 7/350 2026-03-28 04:05 by fmesaito
[考研] 274求调剂 +17 顾九笙要谦虚 2026-03-24 23/1150 2026-03-27 15:16 by caszguilin
[考研] 321求调剂 +6 wasdssaa 2026-03-26 6/300 2026-03-26 20:57 by sanrepian
[考研] 327求调剂 +7 prayer13 2026-03-23 7/350 2026-03-26 20:48 by 不吃魚的貓
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:03 by Ainin_
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
信息提示
请填处理意见