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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法?

我用amber跑完的轨迹,想看看蛋白质二级结构是怎么变的。。
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lingogo

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emrecoba at 2013-07-27 02:00:28
楼主可以考虑DSSP. 这里是链接http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/

请问一下,dssp如何处理amber跑完的动力学轨迹,linux系统版本安装好可以用吗?
5楼2013-07-30 18:50:09
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-27 08:39:28
lingogo: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-07-30 18:48:58
楼主可以考虑DSSP. 这里是链接http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/
2楼2013-07-27 02:00:28
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caozx

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:15
蛋白质二级结构,可以用STRIDE
然后提取文件里的二级结构信息。
个人感觉比DSSP好用。
3楼2013-07-28 13:53:37
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-01 16:11:13
vmd里面用的是stride的算法

[ 发自小木虫客户端 ]
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
4楼2013-07-29 16:39:22
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