24小时热门版块排行榜    

查看: 5123  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

dxl20132009

铜虫 (小有名气)

[求助] amber 里生成pdb文件的命令 已有2人参与

我想看看跑完平衡后的结构,但是没有pdb文件,只有rst文件,看教程里说用AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.inpcrd > polyAT_wat.pdb,但是我输入后没有反应,怎么回事?能不能在跑平衡的脚本里加上一些关键词什么的,让它算完后,把最后一帧的结构转化为pdb格式的文件?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxl20132009

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-07-09 13:03:19
echo $AMBERHOME
看看打印出什么

什么都没有啊
3楼2014-07-09 16:47:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导! 2014-07-16 15:55:06
本帖内容被屏蔽

2楼2014-07-09 13:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)


dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导! 2014-07-16 15:55:14
本帖内容被屏蔽

4楼2014-07-09 17:27:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxl20132009

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-07-09 17:27:10
那就是AMBERHOME变量没设置好...

谢谢哈!我还想再问您一下,安装amber12的时候,走到第二步:2.sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev ,这个是什么意思啊?求赐教,非常感谢
5楼2014-07-09 20:51:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 【考研调剂】化学专业 281分,一志愿四川大学,诚心求调剂 +7 吃吃吃才有意义 2026-03-19 7/350 2026-03-20 22:33 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 求调剂一志愿南京航空航天大学289分 +3 @taotao 2026-03-19 3/150 2026-03-20 21:34 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 281求调剂(0805) +14 烟汐忆海 2026-03-16 25/1250 2026-03-20 15:47 by yuncha
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 304求调剂 +5 曼殊2266 2026-03-18 5/250 2026-03-20 09:00 by ZHANG0tao
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 一志愿中国海洋大学,生物学,301分,求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +14 陌の森林 2026-03-18 14/700 2026-03-19 22:38 by 学员8dgXkO
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 295求调剂 +3 一志愿京区211 2026-03-18 5/250 2026-03-18 17:03 by zhaoqian0518
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 299求调剂 +5 △小透明* 2026-03-17 5/250 2026-03-18 11:49 by 尽舜尧1
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:42 by 626776879
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
信息提示
请填处理意见