| 查看: 2003 | 回复: 15 | |||
nana05016木虫 (小有名气)
|
[求助]
请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？
|
||
| 近日在寻找来自酿酒酵母（面包酵母）的Protease A inhibitor 3蛋白的pdb结构，无奈找到的都是很大的复合物，本来这个蛋白也就68个残基，不过pdb库里的都是很大的复合物结构，有三四百个残基吧。如果用Rasmol的话应该怎么操作呢，如果有其他方法当然更好。还请各位大神们指点下，小女子不胜感激， |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 VMD 软件 |
» 猜你喜欢
读博
已经有5人回复
-
博士申请都是内定的吗？
已经有6人回复
-
之前让一硕士生水了7个发明专利，现在这7个获批发明专利的维护费可从哪儿支出哈？
已经有5人回复
-
博士读完未来一定会好吗
已经有29人回复
-
投稿精细化工
已经有4人回复
-
高职单位投计算机相关的北核或SCI四区期刊推荐，求支招！
已经有4人回复
-
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有9人回复
-
心脉受损
已经有5人回复
-
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
已经有11人回复- 模拟的PDB结构如何查看二级结构含量？
已经有3人回复
- 在xleap中对一个已读取的pdb文件中的某些氨基酸进行编辑
已经有6人回复
- VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
已经有14人回复
- 谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？
已经有9人回复
- 下载了一份PDB文件，用什么软件打开？
已经有12人回复
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件
已经有3人回复
- 有用过PDB Viewer的吗？怎么能让分子显示new cartoon而不是默认的化学骨架模型？
已经有4人回复
- 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
已经有6人回复
- 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
已经有4人回复
- PDB上下载了后缀为.pdb的文件后怎么打开看啊？是不是三维图下都会有文字介绍啊？
已经有6人回复
- 询问在PDB数据库查找蛋白质结构
已经有14人回复
- X-ray pdb structure 是什么意思？什么结构呢？
已经有11人回复
- 输入多肽一级序列，输出三级结构pdb文件的软件？
已经有6人回复
- 【求助】请教如何生成非天然序列的pdb用于zdock
已经有5人回复
- 【求助】请教一下怎么把在PDB数据库上面下载的CIF格式的晶体结构导入MS中
已经有9人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:33:20
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指导 2013-04-26 21:32:28
感谢参与，应助指数 +1
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:33:20
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指导 2013-04-26 21:32:28
|
用VMD 很容易选择， 比如 你要选择的残基的 resid 从100到150，就可以直接使用命令 set sel [atomselect top "resid >99 and resid<151"] $sel writepdb ok.pdb 如果你知道其他 的选择方法，就可以直接写在atomselect top " " 的括号内，也可以选择出来 |
2楼2013-04-26 16:53:42
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-26 17:15:10
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:34:20
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-26 17:15:10
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:34:20
|
如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件 简单来说PDB结构是这样的 ATOM 1 C1 DOD 1 -13.483 3.801 -19.390 1.00 0.00 D1 ATOM 2 C2 DOD 1 -12.664 5.164 -19.448 1.00 0.00 D1 ATOM 3 C3 DOD 1 -12.442 5.571 -18.055 1.00 0.00 D1 ATOM 4 C4 DOD 1 -11.604 6.807 -17.871 1.00 0.00 D1 ATOM 5 C5 DOD 1 -11.035 6.923 -16.453 1.00 0.00 D1 其中第二列是原子序数，第三列是原子名称，第四列是resname，第五列是resid，最后一列是segname 我不做蛋白质，不大清楚蛋白质残基是靠resname还是segname分类的。。。总之你找到你想要的那部分复制粘贴为另一个pdb就行了，当然这样做原子序数可能不对，不过用VMD或者其他软件另存为pdb一次就好了 |
3楼2013-04-26 17:02:32
12楼2013-05-08 10:20:34
nana05016
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2681.3
- 红花: 5
- 帖子: 206
- 在线: 145.4小时
- 虫号: 2034407
- 注册: 2012-09-27
- 性别: MM
- 专业: 原子和分子物理
4楼2013-04-26 17:04:34
nana05016
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2681.3
- 红花: 5
- 帖子: 206
- 在线: 145.4小时
- 虫号: 2034407
- 注册: 2012-09-27
- 性别: MM
- 专业: 原子和分子物理
5楼2013-04-26 17:15:38
6楼2013-04-26 17:18:12
nana05016
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2681.3
- 红花: 5
- 帖子: 206
- 在线: 145.4小时
- 虫号: 2034407
- 注册: 2012-09-27
- 性别: MM
- 专业: 原子和分子物理
7楼2013-04-26 17:32:13
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2013-04-26 22:06:51
nana05016
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2681.3
- 红花: 5
- 帖子: 206
- 在线: 145.4小时
- 虫号: 2034407
- 注册: 2012-09-27
- 性别: MM
- 专业: 原子和分子物理
9楼2013-04-27 17:18:45
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
10楼2013-04-27 21:03:46