应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？
161/2返回列表12下一页
查看: 2449  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

nana05016

木虫 (小有名气)

[求助] 请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？

近日在寻找来自酿酒酵母（面包酵母）的Protease A inhibitor 3蛋白的pdb结构，无奈找到的都是很大的复合物，本来这个蛋白也就68个残基，不过pdb库里的都是很大的复合物结构，有三四百个残基吧。如果用Rasmol的话应该怎么操作呢，如果有其他方法当然更好。还请各位大神们指点下，小女子不胜感激，
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VMD 软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-26 16:20:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:33:20
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指导 2013-04-26 21:32:28
用VMD 很容易选择，
比如 你要选择的残基的 resid  从100到150，就可以直接使用命令
set sel [atomselect top "resid >99 and resid<151"]
$sel writepdb ok.pdb

如果你知道其他 的选择方法，就可以直接写在atomselect top " " 的括号内，也可以选择出来
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-04-26 16:53:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-26 17:15:10
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:34:20
如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件
简单来说PDB结构是这样的

ATOM      1  C1  DOD     1     -13.483   3.801 -19.390  1.00  0.00      D1   
ATOM      2  C2  DOD     1     -12.664   5.164 -19.448  1.00  0.00      D1   
ATOM      3  C3  DOD     1     -12.442   5.571 -18.055  1.00  0.00      D1   
ATOM      4  C4  DOD     1     -11.604   6.807 -17.871  1.00  0.00      D1   
ATOM      5  C5  DOD     1     -11.035   6.923 -16.453  1.00  0.00      D1

其中第二列是原子序数，第三列是原子名称，第四列是resname，第五列是resid，最后一列是segname
我不做蛋白质，不大清楚蛋白质残基是靠resname还是segname分类的。。。总之你找到你想要的那部分复制粘贴为另一个pdb就行了，当然这样做原子序数可能不对，不过用VMD或者其他软件另存为pdb一次就好了
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-04-26 17:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happyrxm

银虫 (小有名气)
用Pymol这个软件，显示序列，然后选中目标序列，然后用命令 create sele， target 就OK啦
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2013-05-08 10:20:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-26 16:53:42
用VMD 很容易选择，
比如 你要选择的残基的 resid  从100到150，就可以直接使用命令
set sel
$sel writepdb ok.pdb

如果你知道其他 的选择方法，就可以直接写在atomselect top " " 的括号内，也可 ...

嗯，O(∩_∩)O谢谢哦，如果我只知道氨基酸序列，不知道位置，要定位的话呢？
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-26 17:04:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-26 17:02:32
如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件
简单来说PDB结构是这样的

ATOM      1  C1  DOD     1     -13.483   3.801 -19.390  1.00  0.00      D1   
ATOM      2  C2  DOD     1   ...

谢谢哦，不过手动搜寻位置的话感觉不太有思路
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-26 17:15:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-26 17:02:32
如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件
简单来说PDB结构是这样的

ATOM      1  C1  DOD     1     -13.483   3.801 -19.390  1.00  0.00      D1   
ATOM      2  C2  DOD     1   ...

方法可行！
但问题是如果这个PDB 文件很大，比如超过10MB，就不行。
赞一下 回复此楼
6楼2013-04-26 17:18:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-26 17:18:12
方法可行！
但问题是如果这个PDB 文件很大，比如超过10MB，就不行。...

嗯，我这个不大，总共只有三四百K
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-26 17:32:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 赞！ 2013-04-27 08:53:44
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-26 17:18:12
方法可行！
但问题是如果这个PDB 文件很大，比如超过10MB，就不行。...

用一些记事本的替代软件，比如ultraedit、editplus打开大文件都可以的

不过最大的问题是PDB大了需要的行有点不好找，所以大文件还是用VMD方便
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-26 22:06:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-26 22:06:51
用一些记事本的替代软件，比如ultraedit、editplus打开大文件都可以的

不过最大的问题是PDB大了需要的行有点不好找，所以大文件还是用VMD方便...

O(∩_∩)O谢谢，VMD有对应的语句没有呢？
赞一下 回复此楼
9楼2013-04-27 17:18:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by nana05016 at 2013-04-27 17:18:45
O(∩_∩)O谢谢，VMD有对应的语句没有呢？...

VMD的对应语句就是版主说的啊
set sel [atomselect top "resname DOD"]
set sel [atomselect top "segname D1"]
等等
赞一下 回复此楼
10楼2013-04-27 21:03:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nana05016 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 7/350 2026-07-31 12:10 by syhhffkrym
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 3/150 2026-07-31 12:08 by syhhffkrym
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 6/300 2026-07-31 12:05 by syhhffkrym
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +6 锦衣卫寒战 2026-07-28 6/300 2026-07-31 11:27 by syl200707
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 小木虫看见有人已经知道结果了 +15 1234567wang 2026-07-25 19/950 2026-07-31 08:30 by ZJTJZ
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +8 布布和一二 2026-07-30 8/400 2026-07-31 01:51 by alongwaytogo
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 17/850 2026-07-30 20:10 by kissu88
[考博] 申请2027年材料/化学类博士 10+3 考研老狗? 2026-07-25 5/250 2026-07-30 19:33 by 白色木鱼
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么？ 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 没消息就是被刷了呗 +13 lambert2014 2026-07-24 14/700 2026-07-29 10:38 by msh145800
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭