应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
151/2返回列表12下一页
查看: 3444  |  回复: 14
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tanzouqing

新虫 (小有名气)

[求助] VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?

VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
例如:
若temp-1.pdb和temp-2.pdb,我想把这两个文件合成temp.pdb文件,手动和console命令流如何操作?谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

和毕设有关的 分子模拟强力资源

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-08-27 22:21:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-29 15:26:44
你把“mol new temp-1.pdb ;mol addfile temp-1.psf”
改成“mol load psf  temp-1.psf pdb temp-1.pdb”
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2012-08-29 15:16:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-28 08:42:51
如果你是用NAMD做模拟，你使用下面这段脚本就行

package require psfgen
resetpsf
readpsf temp-1.psf
coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf
coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf
writepdb temp.pdb

就行了
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-28 08:27:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-28 08:27:38
如果你是用NAMD做模拟，你使用下面这段脚本就行

package require psfgen
resetpsf
readpsf temp-1.psf
coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf
coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf
writepdb temp.pd ...

必须要有相应的psf文件吗?
最初的目的:
原文件temp-1.pdb和temp-1.psf,里面仅一条链, 我想得到两个链,先moveby原有链,保存移动后的temp-2.pdb,但不知怎么得到移动后的temp-2.psf??
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-28 18:50:50
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-08-28 20:28:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by tanzouqing at 2012-08-28 18:50:50
必须要有相应的psf文件吗?
最初的目的:
原文件temp-1.pdb和temp-1.psf,里面仅一条链, 我想得到两个链,先moveby原有链,保存移动后的temp-2.pdb,但不知怎么得到移动后的temp-2.psf??...

你移动之后得到temp-2.pdb是通过
writepdb temp-2.pdb 吧？
同样可以
$sel writepsf temp-2.psf

就行了，不过需要修改一下 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname,
不然在使用上面的脚本合并的时候会报错
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-28 19:56:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-28 19:56:55
你移动之后得到temp-2.pdb是通过
writepdb temp-2.pdb 吧？
同样可以
$sel writepsf temp-2.psf

就行了，不过需要修改一下 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname,
不然在使用上面的脚本合并的时候会报错...

版主,您好,如何修改segname?
归纳下步骤:
step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf
mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf
set allsel [atomselect top all]
$allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.psf

step 2.修改 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname
这步不知如何修改?烦请帮忙

step 3.文件合并
package require psfgen;resetpsf
readpsf temp-1.psf;coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf;coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf;writepdb temp.pd
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-29 11:21:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-29 14:47:19
引用回帖:
5楼: Originally posted by tanzouqing at 2012-08-29 11:21:42
版主,您好,如何修改segname?
归纳下步骤:
step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf
mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf
set allsel
$allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.psf

step 2 ...

直接在第一步这里修改即可

step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf
mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf
set allsel [atomselect top all]
$allsel  set segname NEW
$allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.psf

即可
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-29 14:27:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-29 14:27:25
直接在第一步这里修改即可

step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf
mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf
set allsel
$allsel  set segname NEW
$allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.p ...

以上方法无法得到正确的psf文件!!!
#代码begin
mol new temp-1.pdb ;mol addfile temp-1.psf
set allsel [atomselect top all]
$allsel moveby {0 0 10}
$allsel set segname new
$allsel writepdb temp-2.pdb ;$allsel writepsf temp-2.psf
#代码end
结果对比:
temp-1.psf的部分内容
    1904 !NATOM
       1 ADNA 1    ADE  H5T  HN5    0.430000        1.0080           0
       2 ADNA 1    ADE  O5'  ON5   -0.660000       15.9994           0
       3 ADNA 1    ADE  C5'  CN8    0.050000       12.0110           0
temp-2.psf的部分内容,与前面不搭配.     
     477 !NATOM
       1 new  2    DC   O5'  O5'    0.000000       15.9994           0
       2 new  2    DC   C5'  C5'    0.000000       12.0107           0
       3 new  2    DC   C4'  C4'    0.000000       12.0107           0
且后面的键长,键角,二面角都为0 .
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-29 15:00:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-29 15:16:54
你把“mol new temp-1.pdb ;mol addfile temp-1.psf”
改成“mol load psf  temp-1.psf pdb temp-1.pdb”

还是不行,无法移动...
>Main< (NAMD-work) 61 % $allsel moveby {0 0 10}
atomselection moveby: invalid/ no coordinates in selection
赞一下 回复此楼
9楼2012-08-29 15:36:58
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by tanzouqing at 2012-08-29 15:36:58
还是不行,无法移动...
>Main< (NAMD-work) 61 % $allsel moveby {0 0 10}
atomselection moveby: invalid/ no coordinates in selection...

把你的temp-1.psf 和temp-1.pdb贴在附件里，我试试
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tanzouqing
10楼2012-08-29 15:44:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tanzouqing 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭