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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
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tanzouqing

新虫 (小有名气)

[求助] VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?

VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
例如:
若temp-1.pdb和temp-2.pdb,我想把这两个文件合成temp.pdb文件,手动和console命令流如何操作?谢谢
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1楼 2012-08-27 22:21:20
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-29 15:26:44
你把“mol new temp-1.pdb ;mol addfile temp-1.psf”
改成“mol load psf  temp-1.psf pdb temp-1.pdb”
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8楼2012-08-29 15:16:54
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普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-28 08:42:51
如果你是用NAMD做模拟，你使用下面这段脚本就行

package require psfgen
resetpsf
readpsf temp-1.psf
coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf
coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf
writepdb temp.pdb

就行了
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2楼2012-08-28 08:27:38
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tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-28 08:27:38
如果你是用NAMD做模拟，你使用下面这段脚本就行

package require psfgen
resetpsf
readpsf temp-1.psf
coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf
coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf
writepdb temp.pd ...

必须要有相应的psf文件吗?
最初的目的:
原文件temp-1.pdb和temp-1.psf,里面仅一条链, 我想得到两个链,先moveby原有链,保存移动后的temp-2.pdb,但不知怎么得到移动后的temp-2.psf??
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3楼2012-08-28 18:50:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-08-28 20:28:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by tanzouqing at 2012-08-28 18:50:50
必须要有相应的psf文件吗?
最初的目的:
原文件temp-1.pdb和temp-1.psf,里面仅一条链, 我想得到两个链,先moveby原有链,保存移动后的temp-2.pdb,但不知怎么得到移动后的temp-2.psf??...

你移动之后得到temp-2.pdb是通过
writepdb temp-2.pdb 吧？
同样可以
$sel writepsf temp-2.psf

就行了，不过需要修改一下 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname,
不然在使用上面的脚本合并的时候会报错
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4楼2012-08-28 19:56:55
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tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-28 19:56:55
你移动之后得到temp-2.pdb是通过
writepdb temp-2.pdb 吧？
同样可以
$sel writepsf temp-2.psf

就行了，不过需要修改一下 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname,
不然在使用上面的脚本合并的时候会报错...

版主,您好,如何修改segname?
归纳下步骤:
step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf
mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf
set allsel [atomselect top all]
$allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.psf

step 2.修改 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname
这步不知如何修改?烦请帮忙

step 3.文件合并
package require psfgen;resetpsf
readpsf temp-1.psf;coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf;coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf;writepdb temp.pd
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5楼2012-08-29 11:21:42
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-29 14:47:19
引用回帖:
5楼: Originally posted by tanzouqing at 2012-08-29 11:21:42
版主,您好,如何修改segname?
归纳下步骤:
step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf
mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf
set allsel
$allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.psf

step 2 ...

直接在第一步这里修改即可

step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf
mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf
set allsel [atomselect top all]
$allsel  set segname NEW
$allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.psf

即可
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6楼2012-08-29 14:27:25
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tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-29 14:27:25
直接在第一步这里修改即可

step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf
mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf
set allsel
$allsel  set segname NEW
$allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.p ...

以上方法无法得到正确的psf文件!!!
#代码begin
mol new temp-1.pdb ;mol addfile temp-1.psf
set allsel [atomselect top all]
$allsel moveby {0 0 10}
$allsel set segname new
$allsel writepdb temp-2.pdb ;$allsel writepsf temp-2.psf
#代码end
结果对比:
temp-1.psf的部分内容
    1904 !NATOM
       1 ADNA 1    ADE  H5T  HN5    0.430000        1.0080           0
       2 ADNA 1    ADE  O5'  ON5   -0.660000       15.9994           0
       3 ADNA 1    ADE  C5'  CN8    0.050000       12.0110           0
temp-2.psf的部分内容,与前面不搭配.     
     477 !NATOM
       1 new  2    DC   O5'  O5'    0.000000       15.9994           0
       2 new  2    DC   C5'  C5'    0.000000       12.0107           0
       3 new  2    DC   C4'  C4'    0.000000       12.0107           0
且后面的键长,键角,二面角都为0 .
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7楼2012-08-29 15:00:26
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tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-29 15:16:54
你把“mol new temp-1.pdb ;mol addfile temp-1.psf”
改成“mol load psf  temp-1.psf pdb temp-1.pdb”

还是不行,无法移动...
>Main< (NAMD-work) 61 % $allsel moveby {0 0 10}
atomselection moveby: invalid/ no coordinates in selection
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9楼2012-08-29 15:36:58
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by tanzouqing at 2012-08-29 15:36:58
还是不行,无法移动...
>Main< (NAMD-work) 61 % $allsel moveby {0 0 10}
atomselection moveby: invalid/ no coordinates in selection...

把你的temp-1.psf 和temp-1.pdb贴在附件里，我试试
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tanzouqing
10楼2012-08-29 15:44:46
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