应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
52/1返回列表
查看: 4075  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tanzouqing

新虫 (小有名气)

[求助] VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?

VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
例如:
若temp-1.pdb和temp-2.pdb,我想把这两个文件合成temp.pdb文件,手动和console命令流如何操作?谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-08-27 22:21:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tanzouqing

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-29 15:44:46
把你的temp-1.psf 和temp-1.pdb贴在附件里，我试试...

mol load psf  temp-1.psf ;mol load pdb temp-1.pdb
set allsel [atomselect top all]
$allsel moveby {0 0 10}
$allsel set segname new
$allsel writepdb temp-2.pdb ;$allsel writepsf temp-2.psf

temp-1.pdb 等2个文件
http://kuai.xunlei.com/d/GZPJAFYNEEXT?p=130497
赞一下 回复此楼
11楼2012-08-29 16:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-28 08:42:51
如果你是用NAMD做模拟，你使用下面这段脚本就行

package require psfgen
resetpsf
readpsf temp-1.psf
coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf
coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf
writepdb temp.pdb

就行了
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-28 08:27:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-28 08:27:38
如果你是用NAMD做模拟，你使用下面这段脚本就行

package require psfgen
resetpsf
readpsf temp-1.psf
coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf
coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf
writepdb temp.pd ...

必须要有相应的psf文件吗?
最初的目的:
原文件temp-1.pdb和temp-1.psf,里面仅一条链, 我想得到两个链,先moveby原有链,保存移动后的temp-2.pdb,但不知怎么得到移动后的temp-2.psf??
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-28 18:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-08-28 20:28:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by tanzouqing at 2012-08-28 18:50:50
必须要有相应的psf文件吗?
最初的目的:
原文件temp-1.pdb和temp-1.psf,里面仅一条链, 我想得到两个链,先moveby原有链,保存移动后的temp-2.pdb,但不知怎么得到移动后的temp-2.psf??...

你移动之后得到temp-2.pdb是通过
writepdb temp-2.pdb 吧？
同样可以
$sel writepsf temp-2.psf

就行了，不过需要修改一下 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname,
不然在使用上面的脚本合并的时候会报错
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-28 19:56:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +3 基诺咪客 2026-08-17 3/150 2026-08-17 15:25 by xinshengwu
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +3 angus9576 2026-08-17 6/300 2026-08-17 14:32 by 启萌科技
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 13:49 by EYK67XJMj64E
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 11:46 by 4GBAYCdVQoK3
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 3/150 2026-08-17 09:49 by xLVPIRuSvCUe
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭