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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
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tanzouqing

新虫 (小有名气)

[求助] VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?

VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
例如:
若temp-1.pdb和temp-2.pdb,我想把这两个文件合成temp.pdb文件,手动和console命令流如何操作?谢谢
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1楼 2012-08-27 22:21:20
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tanzouqing

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-29 15:44:46
把你的temp-1.psf 和temp-1.pdb贴在附件里，我试试...

mol load psf  temp-1.psf ;mol load pdb temp-1.pdb
set allsel [atomselect top all]
$allsel moveby {0 0 10}
$allsel set segname new
$allsel writepdb temp-2.pdb ;$allsel writepsf temp-2.psf

temp-1.pdb 等2个文件
http://kuai.xunlei.com/d/GZPJAFYNEEXT?p=130497
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11楼2012-08-29 16:10:54
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-28 08:42:51
如果你是用NAMD做模拟，你使用下面这段脚本就行

package require psfgen
resetpsf
readpsf temp-1.psf
coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf
coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf
writepdb temp.pdb

就行了
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2楼2012-08-28 08:27:38
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tanzouqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-28 08:27:38
如果你是用NAMD做模拟，你使用下面这段脚本就行

package require psfgen
resetpsf
readpsf temp-1.psf
coordpdb temp-1.pdb
readpsf temp-2.psf
coordpdb temp-2.pdb
writepsf temp.psf
writepdb temp.pd ...

必须要有相应的psf文件吗?
最初的目的:
原文件temp-1.pdb和temp-1.psf,里面仅一条链, 我想得到两个链,先moveby原有链,保存移动后的temp-2.pdb,但不知怎么得到移动后的temp-2.psf??
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3楼2012-08-28 18:50:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-08-28 20:28:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by tanzouqing at 2012-08-28 18:50:50
必须要有相应的psf文件吗?
最初的目的:
原文件temp-1.pdb和temp-1.psf,里面仅一条链, 我想得到两个链,先moveby原有链,保存移动后的temp-2.pdb,但不知怎么得到移动后的temp-2.psf??...

你移动之后得到temp-2.pdb是通过
writepdb temp-2.pdb 吧？
同样可以
$sel writepsf temp-2.psf

就行了，不过需要修改一下 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname,
不然在使用上面的脚本合并的时候会报错
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4楼2012-08-28 19:56:55
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