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nana05016木虫 (小有名气)
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[求助]
请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？
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| 近日在寻找来自酿酒酵母（面包酵母）的Protease A inhibitor 3蛋白的pdb结构，无奈找到的都是很大的复合物，本来这个蛋白也就68个残基，不过pdb库里的都是很大的复合物结构，有三四百个残基吧。如果用Rasmol的话应该怎么操作呢，如果有其他方法当然更好。还请各位大神们指点下，小女子不胜感激， |
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12楼2013-05-08 10:20:34
【答案】应助回帖
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nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:33:20
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指导 2013-04-26 21:32:28
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ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指导 2013-04-26 21:32:28
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用VMD 很容易选择， 比如 你要选择的残基的 resid 从100到150，就可以直接使用命令 set sel [atomselect top "resid >99 and resid<151"] $sel writepdb ok.pdb 如果你知道其他 的选择方法，就可以直接写在atomselect top " " 的括号内，也可以选择出来 |
2楼2013-04-26 16:53:42
fhh2626
木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-26 17:15:10
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:34:20
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-26 17:15:10
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:34:20
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如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件 简单来说PDB结构是这样的 ATOM 1 C1 DOD 1 -13.483 3.801 -19.390 1.00 0.00 D1 ATOM 2 C2 DOD 1 -12.664 5.164 -19.448 1.00 0.00 D1 ATOM 3 C3 DOD 1 -12.442 5.571 -18.055 1.00 0.00 D1 ATOM 4 C4 DOD 1 -11.604 6.807 -17.871 1.00 0.00 D1 ATOM 5 C5 DOD 1 -11.035 6.923 -16.453 1.00 0.00 D1 其中第二列是原子序数，第三列是原子名称，第四列是resname，第五列是resid，最后一列是segname 我不做蛋白质，不大清楚蛋白质残基是靠resname还是segname分类的。。。总之你找到你想要的那部分复制粘贴为另一个pdb就行了，当然这样做原子序数可能不对，不过用VMD或者其他软件另存为pdb一次就好了 |
3楼2013-04-26 17:02:32
nana05016
木虫 (小有名气)
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4楼2013-04-26 17:04:34
