应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？
51/1返回列表
查看: 2198  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

nana05016

木虫 (小有名气)

[求助] 请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？

近日在寻找来自酿酒酵母（面包酵母）的Protease A inhibitor 3蛋白的pdb结构，无奈找到的都是很大的复合物，本来这个蛋白也就68个残基，不过pdb库里的都是很大的复合物结构，有三四百个残基吧。如果用Rasmol的话应该怎么操作呢，如果有其他方法当然更好。还请各位大神们指点下，小女子不胜感激，
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VMD 软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-26 16:20:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 赞！ 2013-04-27 08:53:44
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-26 17:18:12
方法可行！
但问题是如果这个PDB 文件很大，比如超过10MB，就不行。...

用一些记事本的替代软件，比如ultraedit、editplus打开大文件都可以的

不过最大的问题是PDB大了需要的行有点不好找，所以大文件还是用VMD方便
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-26 22:06:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:33:20
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指导 2013-04-26 21:32:28
用VMD 很容易选择，
比如 你要选择的残基的 resid  从100到150，就可以直接使用命令
set sel [atomselect top "resid >99 and resid<151"]
$sel writepdb ok.pdb

如果你知道其他 的选择方法，就可以直接写在atomselect top " " 的括号内，也可以选择出来
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-04-26 16:53:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-26 17:15:10
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:34:20
如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件
简单来说PDB结构是这样的

ATOM      1  C1  DOD     1     -13.483   3.801 -19.390  1.00  0.00      D1   
ATOM      2  C2  DOD     1     -12.664   5.164 -19.448  1.00  0.00      D1   
ATOM      3  C3  DOD     1     -12.442   5.571 -18.055  1.00  0.00      D1   
ATOM      4  C4  DOD     1     -11.604   6.807 -17.871  1.00  0.00      D1   
ATOM      5  C5  DOD     1     -11.035   6.923 -16.453  1.00  0.00      D1

其中第二列是原子序数，第三列是原子名称，第四列是resname，第五列是resid，最后一列是segname
我不做蛋白质，不大清楚蛋白质残基是靠resname还是segname分类的。。。总之你找到你想要的那部分复制粘贴为另一个pdb就行了，当然这样做原子序数可能不对，不过用VMD或者其他软件另存为pdb一次就好了
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-04-26 17:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-26 16:53:42
用VMD 很容易选择，
比如 你要选择的残基的 resid  从100到150，就可以直接使用命令
set sel
$sel writepdb ok.pdb

如果你知道其他 的选择方法，就可以直接写在atomselect top " " 的括号内，也可 ...

嗯，O(∩_∩)O谢谢哦，如果我只知道氨基酸序列，不知道位置，要定位的话呢？
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-26 17:04:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 288求调剂 +15 于海海海海 2026-03-19 15/750 2026-03-19 22:41 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +5 Doleres 2026-03-19 5/250 2026-03-19 20:14 by 制度的
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +8 zlingli 2026-03-13 8/400 2026-03-19 16:32 by 轻松不少随
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 10/500 2026-03-19 16:05 by 余麟余
[考研] 化学求调剂 +3 临泽境llllll 2026-03-17 4/200 2026-03-19 13:59 by houyaoxu
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 085600材料与化工 +5 安全上岸！ 2026-03-16 5/250 2026-03-18 15:33 by cmz0325
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考博] 环境领域全国重点实验室招收博士1-2名 +3 QGZDSYS 2026-03-13 5/250 2026-03-18 11:13 by QGZDSYS
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 334求调剂 +3 志存高远意在机� 2026-03-16 3/150 2026-03-18 08:34 by lm4875102
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭