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lijinyan208

铁虫 (小有名气)


[交流] 询问在PDB数据库查找蛋白质结构

请问在PDB数据库中怎么查找Pseudomonas fluorescens lipase 的结构?
The 3D structure was obtained  from the Protein Data Bank (PDB) using Pymol vs. 0.99.  The pdb code for PFL is 2LIP. “ using Pymol vs. 0.99.“是什么意思?
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gwbk

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lijinyan208(金币+1):谢谢参与
lijinyan208(金币+3): 非常感谢! 2011-07-31 15:55:43
lstt09nk(金币+8, BioEPI+1): 很详细,很实用 2011-09-14 16:55:56
1,打开PDB网站,直接输入Pseudomonas lipase ,点击搜索,可以得到20个3D结构,其中包含下面的这个“2LIP”,但是PDB数据库并没有Pseudomonas fluorescens lipase这个结构,应该是没有收录这个蛋白的3D结构,或者是没有相关文献,或者是文献正在版权中。。。
2,使用软件pymol 版本0.99在PDB网站上搜索到了“2LIP”的3D结构。2LIP在PDB网站上是PSEUDOMONAS LIPASE OPEN CONFORMATION ,也并不是Pseudomonas fluorescens lipase。
3,你可以先去http://www.expasy.org/sprot或者http://www.uniprot.org/搜索一下蛋白质序列有木有。然后去EBI等网站上搜索一下。但是这并一定能找到蛋白质3D结构。

现在好多数据库都并到PDB、EBI等大网站了。
2楼2011-07-30 23:17:02
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gwbk

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
lijinyan208(金币+1): 2011-07-31 15:56:17
lstt09nk(金币+5): 补加 2011-09-14 16:56:07
传1个PDB使用视频,基本功能做的还可以。
3楼2011-07-30 23:36:53
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lq102021

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
谢谢,同样有利于我
5楼2012-07-25 20:00:15
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zoetseng

铁虫 (小有名气)


有用啊~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2013-12-26 16:02:59
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asmallfly

新虫 (初入文坛)


非常感谢
8楼2014-09-23 23:56:00
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lemon_time

金虫 (小有名气)


很有用,谢谢
11楼2015-04-24 10:15:16
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congg

新虫 (初入文坛)


谢谢。
12楼2015-11-17 09:05:20
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yuanruoshui

禁虫 (正式写手)

送红花一朵
本帖内容被屏蔽

15楼2018-07-22 22:05:35
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czq70134楼
2011-09-14 16:20   回复  
送鲜花一朵
谢谢分享
xzh2097楼
2014-04-20 15:35   回复  
谢谢分享
gbp19889楼
2014-11-15 11:20   回复  
2015-01-14 09:39   回复  
谢谢分享!
a1368497813楼
2017-08-08 13:09   回复  
送红花一朵
2017-09-07 11:16   回复  
送红花一朵
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