24小时热门版块排行榜

返回列表

本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lijinyan208

铁虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 91
帖子: 181
在线: 17.1小时
虫号: 1062471

[交流] 询问在PDB数据库查找蛋白质结构

请问在PDB数据库中怎么查找Pseudomonas fluorescens lipase 的结构？
The 3D structure was obtained from the Protein Data Bank (PDB) using Pymol vs. 0.99. The pdb code for PFL is 2LIP. “ using Pymol vs. 0.99.“是什么意思？

回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

czq7013

a13684978

li1014895750

yuanruoshui

» 猜你喜欢

带资进组求博导收留已经有14人回复
求个博导看看已经有18人回复
自荐读博已经有6人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有5人回复
青基代表作，AAAI之类的A会的special track在国内认可度高吗？还是归为workshop之流？已经有3人回复
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士已经有6人回复
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生已经有4人回复
求助院士们，这个如何合成呀已经有4人回复
临港实验室与上科大联培博士招生1名已经有9人回复
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？已经有6人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢已经有11人回复
如何查找已知蛋白质、酶的结构、空间尺寸大小？已经有4人回复
如何查找已知蛋白质、酶的结构、空间尺寸大小？已经有3人回复
求助：关于质谱与蛋白质三级结构的问题！已经有4人回复
PDB数据库怎么样？？急！！！！！已经有7人回复
关于蛋白质二级结构数据库已经有3人回复
输入多肽一级序列，输出三级结构pdb文件的软件？已经有6人回复
【求助】请教一下怎么把在PDB数据库上面下载的CIF格式的晶体结构导入MS中已经有9人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-07-30 21:00:19

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zoetseng

铁虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 917.5
帖子: 63
在线: 38.6小时
虫号: 2306287

有用啊~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

回复此楼

6楼2013-12-26 16:02:59

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 15 个回答

gwbk

木虫 (正式写手)

BioEPI: 8
应助: 0 (幼儿园)
金币: 2293.5
帖子: 529
在线: 186.9小时
虫号: 1320681

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lijinyan208(金币+1):谢谢参与
lijinyan208(金币+3): 非常感谢！ 2011-07-31 15:55:43
lstt09nk(金币+8, BioEPI+1): 很详细，很实用 2011-09-14 16:55:56

1，打开PDB网站，直接输入Pseudomonas lipase ，点击搜索，可以得到20个3D结构，其中包含下面的这个“2LIP”，但是PDB数据库并没有Pseudomonas fluorescens lipase这个结构，应该是没有收录这个蛋白的3D结构，或者是没有相关文献，或者是文献正在版权中。。。
2，使用软件pymol 版本0.99在PDB网站上搜索到了“2LIP”的3D结构。2LIP在PDB网站上是PSEUDOMONAS LIPASE OPEN CONFORMATION ，也并不是Pseudomonas fluorescens lipase。
3，你可以先去http://www.expasy.org/sprot或者http://www.uniprot.org/搜索一下蛋白质序列有木有。然后去EBI等网站上搜索一下。但是这并一定能找到蛋白质3D结构。

现在好多数据库都并到PDB、EBI等大网站了。