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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 询问在PDB数据库查找蛋白质结构
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lijinyan208

铁虫 (小有名气)

[交流] 询问在PDB数据库查找蛋白质结构

请问在PDB数据库中怎么查找Pseudomonas fluorescens lipase 的结构？
The 3D structure was obtained  from the Protein Data Bank (PDB) using Pymol vs. 0.99.  The pdb code for PFL is 2LIP. “ using Pymol vs. 0.99.“是什么意思？
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1楼 2011-07-30 21:00:19
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lq102021

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
谢谢，同样有利于我
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-25 20:00:15
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lijinyan208(金币+1):谢谢参与
lijinyan208(金币+3): 非常感谢！ 2011-07-31 15:55:43
lstt09nk(金币+8, BioEPI+1): 很详细，很实用 2011-09-14 16:55:56
1，打开PDB网站，直接输入Pseudomonas lipase ，点击搜索，可以得到20个3D结构，其中包含下面的这个“2LIP”，但是PDB数据库并没有Pseudomonas fluorescens lipase这个结构，应该是没有收录这个蛋白的3D结构，或者是没有相关文献，或者是文献正在版权中。。。
2，使用软件pymol 版本0.99在PDB网站上搜索到了“2LIP”的3D结构。2LIP在PDB网站上是PSEUDOMONAS LIPASE OPEN CONFORMATION ，也并不是Pseudomonas fluorescens lipase。
3，你可以先去http://www.expasy.org/sprot或者http://www.uniprot.org/搜索一下蛋白质序列有木有。然后去EBI等网站上搜索一下。但是这并一定能找到蛋白质3D结构。

现在好多数据库都并到PDB、EBI等大网站了。
赞一下(6人) 回复此楼
2楼2011-07-30 23:17:02
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
lijinyan208(金币+1): 2011-07-31 15:56:17
lstt09nk(金币+5): 补加 2011-09-14 16:56:07
传1个PDB使用视频，基本功能做的还可以。
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3楼2011-07-30 23:36:53
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zoetseng

铁虫 (小有名气)
有用啊~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2013-12-26 16:02:59
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萨米摩尔10楼
2015-01-14 09:39   回复  
谢谢分享！
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