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lijinyan208

铁虫 (小有名气)

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[交流] 询问在PDB数据库查找蛋白质结构

请问在PDB数据库中怎么查找Pseudomonas fluorescens lipase 的结构？
The 3D structure was obtained from the Protein Data Bank (PDB) using Pymol vs. 0.99. The pdb code for PFL is 2LIP. “ using Pymol vs. 0.99.“是什么意思？

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1楼2011-07-30 21:00:19

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gwbk

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★ ★ ★
lijinyan208(金币+1): 2011-07-31 15:56:17
lstt09nk(金币+5): 补加 2011-09-14 16:56:07

传1个PDB使用视频，基本功能做的还可以。

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3楼2011-07-30 23:36:53

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gwbk

木虫 (正式写手)

BioEPI: 8
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lijinyan208(金币+1):谢谢参与
lijinyan208(金币+3): 非常感谢！ 2011-07-31 15:55:43
lstt09nk(金币+8, BioEPI+1): 很详细，很实用 2011-09-14 16:55:56

1，打开PDB网站，直接输入Pseudomonas lipase ，点击搜索，可以得到20个3D结构，其中包含下面的这个“2LIP”，但是PDB数据库并没有Pseudomonas fluorescens lipase这个结构，应该是没有收录这个蛋白的3D结构，或者是没有相关文献，或者是文献正在版权中。。。
2，使用软件pymol 版本0.99在PDB网站上搜索到了“2LIP”的3D结构。2LIP在PDB网站上是PSEUDOMONAS LIPASE OPEN CONFORMATION ，也并不是Pseudomonas fluorescens lipase。
3，你可以先去http://www.expasy.org/sprot或者http://www.uniprot.org/搜索一下蛋白质序列有木有。然后去EBI等网站上搜索一下。但是这并一定能找到蛋白质3D结构。

现在好多数据库都并到PDB、EBI等大网站了。

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2楼2011-07-30 23:17:02

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