应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在xleap中对一个已读取的pdb文件中的某些氨基酸进行编辑
71/1返回列表
查看: 2187  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

紫漠残星

木虫 (正式写手)

[求助] 在xleap中对一个已读取的pdb文件中的某些氨基酸进行编辑

在xleap中，已读取一个pdb文件，想对这个文件中的某些残基进行编辑，比如加氢等等，请问该如何做？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢
努力，不放弃
1楼 2012-11-22 15:06:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-22 21:22:46
加氢是自动的，
加抗衡离子用addions命令
加水盒子用solvatebox命令
保存用saveamberparm命令
看manual吧
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-22 18:53:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-22 18:53:06
加氢是自动的，
加抗衡离子用addions命令
加水盒子用solvatebox命令
保存用saveamberparm命令
看manual吧

因为有些残基是质子化的  所以需要额外的人工指定加H，但是一个蛋白质中有许多，怎样批处理指定H的位置呢？谢谢了
赞一下 回复此楼
努力，不放弃
3楼2012-11-22 20:03:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-23 12:56:23
如果是质子化的残基，比如是Histidine，那就要在PDB文件里将其改为代表质子化状态的HIP。
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-23 10:14:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cxcccxxx

新虫 (初入文坛)
、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、
赞一下 回复此楼
5楼2012-11-23 14:17:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-23 10:14:26
如果是质子化的残基，比如是Histidine，那就要在PDB文件里将其改为代表质子化状态的HIP。

那请问哪里能查到关于这些残基的不同名字代表的结构呢？谢谢了
赞一下 回复此楼
努力，不放弃
6楼2012-11-24 11:34:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
紫漠残星: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-11-24 23:14:46
我是在xleap里用list命令查看所有残基模板查到的
赞一下 回复此楼
7楼2012-11-24 13:20:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 紫漠残星 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭