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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

[求助] 在xleap中对一个已读取的pdb文件中的某些氨基酸进行编辑

在xleap中,已读取一个pdb文件,想对这个文件中的某些残基进行编辑,比如加氢等等,请问该如何做?
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amber

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努力,不放弃
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-22 21:22:46
加氢是自动的,
加抗衡离子用addions命令
加水盒子用solvatebox命令
保存用saveamberparm命令
看manual吧
2楼2012-11-22 18:53:06
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-22 18:53:06
加氢是自动的,
加抗衡离子用addions命令
加水盒子用solvatebox命令
保存用saveamberparm命令
看manual吧

因为有些残基是质子化的  所以需要额外的人工指定加H,但是一个蛋白质中有许多,怎样批处理指定H的位置呢?谢谢了
努力,不放弃
3楼2012-11-22 20:03:03
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-23 12:56:23
如果是质子化的残基,比如是Histidine,那就要在PDB文件里将其改为代表质子化状态的HIP。
4楼2012-11-23 10:14:26
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cxcccxxx

新虫 (初入文坛)

、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、
5楼2012-11-23 14:17:40
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-23 10:14:26
如果是质子化的残基,比如是Histidine,那就要在PDB文件里将其改为代表质子化状态的HIP。

那请问哪里能查到关于这些残基的不同名字代表的结构呢?谢谢了
努力,不放弃
6楼2012-11-24 11:34:03
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
紫漠残星: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-11-24 23:14:46
我是在xleap里用list命令查看所有残基模板查到的
7楼2012-11-24 13:20:20
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