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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在xleap中对一个已读取的pdb文件中的某些氨基酸进行编辑
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

[求助] 在xleap中对一个已读取的pdb文件中的某些氨基酸进行编辑

在xleap中，已读取一个pdb文件，想对这个文件中的某些残基进行编辑，比如加氢等等，请问该如何做？
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amber

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努力，不放弃
1楼 2012-11-22 15:06:49
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-22 21:22:46
加氢是自动的，
加抗衡离子用addions命令
加水盒子用solvatebox命令
保存用saveamberparm命令
看manual吧
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2楼2012-11-22 18:53:06
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-22 18:53:06
加氢是自动的，
加抗衡离子用addions命令
加水盒子用solvatebox命令
保存用saveamberparm命令
看manual吧

因为有些残基是质子化的  所以需要额外的人工指定加H，但是一个蛋白质中有许多，怎样批处理指定H的位置呢？谢谢了
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努力，不放弃
3楼2012-11-22 20:03:03
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-23 12:56:23
如果是质子化的残基，比如是Histidine，那就要在PDB文件里将其改为代表质子化状态的HIP。
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4楼2012-11-23 10:14:26
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cxcccxxx

新虫 (初入文坛)
、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、
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5楼2012-11-23 14:17:40
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-23 10:14:26
如果是质子化的残基，比如是Histidine，那就要在PDB文件里将其改为代表质子化状态的HIP。

那请问哪里能查到关于这些残基的不同名字代表的结构呢？谢谢了
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努力，不放弃
6楼2012-11-24 11:34:03
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
紫漠残星: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-11-24 23:14:46
我是在xleap里用list命令查看所有残基模板查到的
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7楼2012-11-24 13:20:20
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