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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？
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nana05016

木虫 (小有名气)

[求助] 请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？

近日在寻找来自酿酒酵母（面包酵母）的Protease A inhibitor 3蛋白的pdb结构，无奈找到的都是很大的复合物，本来这个蛋白也就68个残基，不过pdb库里的都是很大的复合物结构，有三四百个残基吧。如果用Rasmol的话应该怎么操作呢，如果有其他方法当然更好。还请各位大神们指点下，小女子不胜感激，
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1楼 2013-04-26 16:20:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:33:20
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指导 2013-04-26 21:32:28
用VMD 很容易选择，
比如 你要选择的残基的 resid  从100到150，就可以直接使用命令
set sel [atomselect top "resid >99 and resid<151"]
$sel writepdb ok.pdb

如果你知道其他 的选择方法，就可以直接写在atomselect top " " 的括号内，也可以选择出来
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2楼2013-04-26 16:53:42
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-26 17:15:10
nana05016: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-26 17:34:20
如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件
简单来说PDB结构是这样的

ATOM      1  C1  DOD     1     -13.483   3.801 -19.390  1.00  0.00      D1   
ATOM      2  C2  DOD     1     -12.664   5.164 -19.448  1.00  0.00      D1   
ATOM      3  C3  DOD     1     -12.442   5.571 -18.055  1.00  0.00      D1   
ATOM      4  C4  DOD     1     -11.604   6.807 -17.871  1.00  0.00      D1   
ATOM      5  C5  DOD     1     -11.035   6.923 -16.453  1.00  0.00      D1

其中第二列是原子序数，第三列是原子名称，第四列是resname，第五列是resid，最后一列是segname
我不做蛋白质，不大清楚蛋白质残基是靠resname还是segname分类的。。。总之你找到你想要的那部分复制粘贴为另一个pdb就行了，当然这样做原子序数可能不对，不过用VMD或者其他软件另存为pdb一次就好了
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3楼2013-04-26 17:02:32
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happyrxm

银虫 (小有名气)
用Pymol这个软件，显示序列，然后选中目标序列，然后用命令 create sele， target 就OK啦
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12楼2013-05-08 10:20:34
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普通回帖

nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-26 16:53:42
用VMD 很容易选择，
比如 你要选择的残基的 resid  从100到150，就可以直接使用命令
set sel
$sel writepdb ok.pdb

如果你知道其他 的选择方法，就可以直接写在atomselect top " " 的括号内，也可 ...

嗯，O(∩_∩)O谢谢哦，如果我只知道氨基酸序列，不知道位置，要定位的话呢？
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4楼2013-04-26 17:04:34
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nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-26 17:02:32
如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件
简单来说PDB结构是这样的

ATOM      1  C1  DOD     1     -13.483   3.801 -19.390  1.00  0.00      D1   
ATOM      2  C2  DOD     1   ...

谢谢哦，不过手动搜寻位置的话感觉不太有思路
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5楼2013-04-26 17:15:38
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-26 17:02:32
如果不想用VMD可以直接用记事本（editplus一类的更好）打开PDB文件
简单来说PDB结构是这样的

ATOM      1  C1  DOD     1     -13.483   3.801 -19.390  1.00  0.00      D1   
ATOM      2  C2  DOD     1   ...

方法可行！
但问题是如果这个PDB 文件很大，比如超过10MB，就不行。
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6楼2013-04-26 17:18:12
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nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-26 17:18:12
方法可行！
但问题是如果这个PDB 文件很大，比如超过10MB，就不行。...

嗯，我这个不大，总共只有三四百K
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7楼2013-04-26 17:32:13
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fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 赞！ 2013-04-27 08:53:44
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-26 17:18:12
方法可行！
但问题是如果这个PDB 文件很大，比如超过10MB，就不行。...

用一些记事本的替代软件，比如ultraedit、editplus打开大文件都可以的

不过最大的问题是PDB大了需要的行有点不好找，所以大文件还是用VMD方便
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8楼2013-04-26 22:06:51
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nana05016

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-26 22:06:51
用一些记事本的替代软件，比如ultraedit、editplus打开大文件都可以的

不过最大的问题是PDB大了需要的行有点不好找，所以大文件还是用VMD方便...

O(∩_∩)O谢谢，VMD有对应的语句没有呢？
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9楼2013-04-27 17:18:45
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fhh2626

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by nana05016 at 2013-04-27 17:18:45
O(∩_∩)O谢谢，VMD有对应的语句没有呢？...

VMD的对应语句就是版主说的啊
set sel [atomselect top "resname DOD"]
set sel [atomselect top "segname D1"]
等等
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10楼2013-04-27 21:03:46
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