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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 里生成pdb文件的命令
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)

[求助] amber 里生成pdb文件的命令 已有2人参与

我想看看跑完平衡后的结构，但是没有pdb文件，只有rst文件，看教程里说用AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.inpcrd > polyAT_wat.pdb，但是我输入后没有反应，怎么回事？能不能在跑平衡的脚本里加上一些关键词什么的，让它算完后，把最后一帧的结构转化为pdb格式的文件？
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1楼 2014-07-07 19:16:37
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-16 15:55:06
本帖内容被屏蔽
2楼2014-07-09 13:03:19
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-07-09 13:03:19
echo $AMBERHOME
看看打印出什么

什么都没有啊
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3楼2014-07-09 16:47:04
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-16 15:55:14
本帖内容被屏蔽
4楼2014-07-09 17:27:10
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-07-09 17:27:10
那就是AMBERHOME变量没设置好...

谢谢哈！我还想再问您一下，安装amber12的时候，走到第二步：2.sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev ，这个是什么意思啊？求赐教，非常感谢
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5楼2014-07-09 20:51:27
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wiggle

金虫 (正式写手)
AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.inpcrd > polyAT_wat.pdb

输入
AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.rst > polyAT_wat.pdb
试试
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6楼2014-08-07 15:06:11
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by dxl20132009 at 2014-07-09 20:51:27
谢谢哈！我还想再问您一下，安装amber12的时候，走到第二步：2.sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev ，这个是 ...

你这是ubuntu下的安装教程吗？共享一下吧。这一步命令是用apt－get这个软件下载安装编译amber12所需要的编译器和软件包，sudo命令的意思你应该知道的吧～～
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7楼2014-08-07 16:01:28
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chaohao2010

新虫 (初入文坛)
不知道你问题解决了吗，可以用cpptraj导出的，不管rst还是crd文件都行。
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8楼2016-03-03 09:28:51
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面麻控

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by chaohao2010 at 2016-03-03 09:28:51
不知道你问题解决了吗，可以用cpptraj导出的，不管rst还是crd文件都行。

求问怎么做的啊，新手刚开始用amber

发自小木虫IOS客户端
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9楼2017-07-22 09:09:37
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