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welles.fong

铁虫 (初入文坛)

[求助] 打开由AMBER创建的pdb文件出现问题

各位大神，小弟之前看一篇文章讲AMBER模拟的。小弟比较感兴趣，就想拿个由AMBER创建出来的pdb文件来玩玩。但将那些supporting information入边提供的坐标值贴到记事本，存成pdb文件后再打开却发现打不开。用PDBViewer、Sybyl和AMBER都打不开。
小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开，一样打不开。将当中“RC”改成“C”也无效。
一番努力依旧无果，于是向各位大神求助。急，谢！
原文：The Nuclear Magnetic Resonance of CCCC RNA Reveals a Right-Handed Helix, and Revised Parameters for AMBER Force Field Torsions Improve Structural Predictions from Molecular Dynamics, Biochemistry, 2013, 52 (6), pp 996–1010, DOI: 10.1021/bi3010347
附上此文supporting info及我复制到记事本后存的pdb文件供大家参考。
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  • 附件 1 : bi3010347_si_001.pdf
    • 2013-03-17 21:55:42, 7.31 M
  • 附件 2 : rC4.pdb
    • 2013-03-17 21:55:54, 4.74 K

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1楼 2013-03-17 21:56:09
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回帖置顶 ( 共有1个 )

jackyma

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
ben_ladeng: 金币+1, 等待楼主评分后，有版主会考查并授予EPI的。谢谢理解 2013-04-03 12:04:29
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 鼓励交流~ 2013-04-08 20:26:12
Amber模拟之后想得到PDB文件，
如果能得到模拟用的prmtop文件，和模拟生成的restart文件，用下面的命令就可以得到标准的PDB格式文件了。
ambpdb -p system.prmtop < output.rst > output.pdb

你复制粘贴的话，对齐不好就会出错了，这个你要弄明白PDB格式的意义。
Record Format

COLUMNS        DATA  TYPE    FIELD        DEFINITION
-------------------------------------------------------------------------------------
1 -  6        Record name   "ATOM  "
7 - 11        Integer       serial       Atom  serial number.
13 - 16        Atom          name         Atom name.
17             Character     altLoc       Alternate location indicator.
18 - 20        Residue name  resName      Residue name.
22             Character     chainID      Chain identifier.
23 - 26        Integer       resSeq       Residue sequence number.
27             AChar         iCode        Code for insertion of residues.
31 - 38        Real(8.3)     x            Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
39 - 46        Real(8.3)     y            Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
47 - 54        Real(8.3)     z            Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
55 - 60        Real(6.2)     occupancy    Occupancy.
61 - 66        Real(6.2)     tempFactor   Temperature  factor.
77 - 78        LString(2)    element      Element symbol, right-justified.
79 - 80        LString(2)    charge       Charge  on the atom.

详细内容参考这里http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html#ATOM
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7楼2013-04-02 15:58:04
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普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-03-18 16:31:49
“小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开”

这样动过PDB 文件？

推荐你应该去了解一下PDB 文件的 结够，
在PDB 文件中的每一列都是有意义的。


PS 137.189.228.1 - 香港中文大学？
膜拜一下
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-03-17 22:46:36
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welles.fong

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-17 22:46:36
“小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开”

这样动过PDB 文件？

推荐你应该去了解一下PDB 文件的 结够，
在PDB 文件中的每一列都是有意义的。


PS 137.189.228.1 - 香港中文大学？
...

謝了，順便問一句，AMBER用nucgen创建单链时，另一条的dummy如何编写？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-18 08:40:08
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by welles.fong at 2013-03-18 08:40:08
謝了，順便問一句，AMBER用nucgen创建单链时，另一条的dummy如何编写？...

抱歉，我没有用过amber ，
PDB 文件在NAMD ,GROMACS 中都可以作为输入文件，我用这两个，所以我对PDB 文件的格式有了解。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-18 08:41:50
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-18 15:21:30
welles.fong: 金币+1, ★有帮助 2013-03-19 21:33:21
本帖仅楼主可见
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5楼2013-03-18 12:37:39
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-03-18 16:32:05
本帖仅楼主可见
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6楼2013-03-18 12:37:46
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-08 22:12:17
内容格式正确以后，用discover studio 软件打开
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
8楼2013-04-06 15:46:49
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