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打开由AMBER创建的pdb文件出现问题
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各位大神，小弟之前看一篇文章讲AMBER模拟的。小弟比较感兴趣，就想拿个由AMBER创建出来的pdb文件来玩玩。但将那些supporting information入边提供的坐标值贴到记事本，存成pdb文件后再打开却发现打不开。用PDBViewer、Sybyl和AMBER都打不开。 小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开，一样打不开。将当中“RC”改成“C”也无效。 一番努力依旧无果，于是向各位大神求助。急，谢！ 原文：The Nuclear Magnetic Resonance of CCCC RNA Reveals a Right-Handed Helix, and Revised Parameters for AMBER Force Field Torsions Improve Structural Predictions from Molecular Dynamics, Biochemistry, 2013, 52 (6), pp 996–1010, DOI: 10.1021/bi3010347 附上此文supporting info及我复制到记事本后存的pdb文件供大家参考。 |
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- 附件 2 : rC4.pdb
2013-03-17 21:55:42, 7.31 M
2013-03-17 21:55:54, 4.74 K
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【答案】应助回帖
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ben_ladeng: 金币+1, 等待楼主评分后，有版主会考查并授予EPI的。谢谢理解 2013-04-03 12:04:29
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 鼓励交流~ 2013-04-08 20:26:12
ben_ladeng: 金币+1, 等待楼主评分后，有版主会考查并授予EPI的。谢谢理解 2013-04-03 12:04:29
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 鼓励交流~ 2013-04-08 20:26:12
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Amber模拟之后想得到PDB文件， 如果能得到模拟用的prmtop文件，和模拟生成的restart文件，用下面的命令就可以得到标准的PDB格式文件了。 ambpdb -p system.prmtop < output.rst > output.pdb 你复制粘贴的话，对齐不好就会出错了，这个你要弄明白PDB格式的意义。 Record Format COLUMNS DATA TYPE FIELD DEFINITION ------------------------------------------------------------------------------------- 1 - 6 Record name "ATOM " 7 - 11 Integer serial Atom serial number. 13 - 16 Atom name Atom name. 17 Character altLoc Alternate location indicator. 18 - 20 Residue name resName Residue name. 22 Character chainID Chain identifier. 23 - 26 Integer resSeq Residue sequence number. 27 AChar iCode Code for insertion of residues. 31 - 38 Real(8.3) x Orthogonal coordinates for X in Angstroms. 39 - 46 Real(8.3) y Orthogonal coordinates for Y in Angstroms. 47 - 54 Real(8.3) z Orthogonal coordinates for Z in Angstroms. 55 - 60 Real(6.2) occupancy Occupancy. 61 - 66 Real(6.2) tempFactor Temperature factor. 77 - 78 LString(2) element Element symbol, right-justified. 79 - 80 LString(2) charge Charge on the atom. 详细内容参考这里http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html#ATOM |
7楼2013-04-02 15:58:04
2楼2013-03-17 22:46:36
3楼2013-03-18 08:40:08
4楼2013-03-18 08:41:50
匿名
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5楼2013-03-18 12:37:39
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