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【答案】应助回帖
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ben_ladeng: 金币+1, 等待楼主评分后，有版主会考查并授予EPI的。谢谢理解 2013-04-03 12:04:29
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 鼓励交流~ 2013-04-08 20:26:12
Amber模拟之后想得到PDB文件，
如果能得到模拟用的prmtop文件，和模拟生成的restart文件，用下面的命令就可以得到标准的PDB格式文件了。
ambpdb -p system.prmtop < output.rst > output.pdb
你复制粘贴的话，对齐不好就会出错了，这个你要弄明白PDB格式的意义。
Record Format
COLUMNS DATA TYPE FIELD DEFINITION
-------------------------------------------------------------------------------------
1 - 6 Record name "ATOM "
7 - 11 Integer serial Atom serial number.
13 - 16 Atom name Atom name.
17 Character altLoc Alternate location indicator.
18 - 20 Residue name resName Residue name.
22 Character chainID Chain identifier.
23 - 26 Integer resSeq Residue sequence number.
27 AChar iCode Code for insertion of residues.
31 - 38 Real(8.3) x Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
39 - 46 Real(8.3) y Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
47 - 54 Real(8.3) z Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
55 - 60 Real(6.2) occupancy Occupancy.
61 - 66 Real(6.2) tempFactor Temperature factor.
77 - 78 LString(2) element Element symbol, right-justified.
79 - 80 LString(2) charge Charge on the atom.
详细内容参考这里http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html#ATOM |
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