应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 打开由AMBER创建的pdb文件出现问题
51/1返回列表
查看: 1750  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

welles.fong

铁虫 (初入文坛)

[求助] 打开由AMBER创建的pdb文件出现问题

各位大神，小弟之前看一篇文章讲AMBER模拟的。小弟比较感兴趣，就想拿个由AMBER创建出来的pdb文件来玩玩。但将那些supporting information入边提供的坐标值贴到记事本，存成pdb文件后再打开却发现打不开。用PDBViewer、Sybyl和AMBER都打不开。
小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开，一样打不开。将当中“RC”改成“C”也无效。
一番努力依旧无果，于是向各位大神求助。急，谢！
原文：The Nuclear Magnetic Resonance of CCCC RNA Reveals a Right-Handed Helix, and Revised Parameters for AMBER Force Field Torsions Improve Structural Predictions from Molecular Dynamics, Biochemistry, 2013, 52 (6), pp 996–1010, DOI: 10.1021/bi3010347
附上此文supporting info及我复制到记事本后存的pdb文件供大家参考。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : bi3010347_si_001.pdf
    • 2013-03-17 21:55:42, 7.31 M
  • 附件 2 : rC4.pdb
    • 2013-03-17 21:55:54, 4.74 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-17 21:56:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

welles.fong

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-17 22:46:36
“小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开”

这样动过PDB 文件？

推荐你应该去了解一下PDB 文件的 结够，
在PDB 文件中的每一列都是有意义的。


PS 137.189.228.1 - 香港中文大学？
...

謝了，順便問一句，AMBER用nucgen创建单链时，另一条的dummy如何编写？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-18 08:40:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-03-18 16:31:49
“小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开”

这样动过PDB 文件？

推荐你应该去了解一下PDB 文件的 结够，
在PDB 文件中的每一列都是有意义的。


PS 137.189.228.1 - 香港中文大学？
膜拜一下
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-03-17 22:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by welles.fong at 2013-03-18 08:40:08
謝了，順便問一句，AMBER用nucgen创建单链时，另一条的dummy如何编写？...

抱歉，我没有用过amber ，
PDB 文件在NAMD ,GROMACS 中都可以作为输入文件，我用这两个，所以我对PDB 文件的格式有了解。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-18 08:41:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-18 15:21:30
welles.fong: 金币+1, ★有帮助 2013-03-19 21:33:21
本帖仅楼主可见
赞一下
5楼2013-03-18 12:37:39
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +7 羊腰板 2026-08-21 7/350 2026-08-21 21:28 by iwuli
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 12/600 2026-08-21 19:46 by kulium
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 14/700 2026-08-21 16:51 by applepetty
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭