应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 打开由AMBER创建的pdb文件出现问题
51/1返回列表
查看: 1480  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

welles.fong

铁虫 (初入文坛)

[求助] 打开由AMBER创建的pdb文件出现问题

各位大神，小弟之前看一篇文章讲AMBER模拟的。小弟比较感兴趣，就想拿个由AMBER创建出来的pdb文件来玩玩。但将那些supporting information入边提供的坐标值贴到记事本，存成pdb文件后再打开却发现打不开。用PDBViewer、Sybyl和AMBER都打不开。
小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开，一样打不开。将当中“RC”改成“C”也无效。
一番努力依旧无果，于是向各位大神求助。急，谢！
原文：The Nuclear Magnetic Resonance of CCCC RNA Reveals a Right-Handed Helix, and Revised Parameters for AMBER Force Field Torsions Improve Structural Predictions from Molecular Dynamics, Biochemistry, 2013, 52 (6), pp 996–1010, DOI: 10.1021/bi3010347
附上此文supporting info及我复制到记事本后存的pdb文件供大家参考。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : bi3010347_si_001.pdf
    • 2013-03-17 21:55:42, 7.31 M
  • 附件 2 : rC4.pdb
    • 2013-03-17 21:55:54, 4.74 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-17 21:56:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by welles.fong at 2013-03-18 08:40:08
謝了，順便問一句，AMBER用nucgen创建单链时，另一条的dummy如何编写？...

抱歉，我没有用过amber ，
PDB 文件在NAMD ,GROMACS 中都可以作为输入文件，我用这两个，所以我对PDB 文件的格式有了解。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-18 08:41:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-03-18 16:31:49
“小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开”

这样动过PDB 文件？

推荐你应该去了解一下PDB 文件的 结够，
在PDB 文件中的每一列都是有意义的。


PS 137.189.228.1 - 香港中文大学？
膜拜一下
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-03-17 22:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

welles.fong

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-17 22:46:36
“小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开”

这样动过PDB 文件？

推荐你应该去了解一下PDB 文件的 结够，
在PDB 文件中的每一列都是有意义的。


PS 137.189.228.1 - 香港中文大学？
...

謝了，順便問一句，AMBER用nucgen创建单链时，另一条的dummy如何编写？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-18 08:40:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-18 15:21:30
welles.fong: 金币+1, ★有帮助 2013-03-19 21:33:21
本帖仅楼主可见
赞一下
5楼2013-03-18 12:37:39
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +21 rare12345 2026-03-18 21/1050 2026-03-20 14:31 by 无懈可击111
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +10 墨墨漠 2026-03-18 11/550 2026-03-20 11:57 by 学员8dgXkO
[考研] 274求调剂 +8 S.H1 2026-03-18 8/400 2026-03-20 11:53 by 学员8dgXkO
[考研] 329求调剂 +6 想上学吖吖 2026-03-19 6/300 2026-03-20 09:00 by 每天只摆一小会
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[论文投稿] 申请回稿延期一个月，编辑同意了。但系统上的时间没变，给编辑又写邮件了，没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +14 陌の森林 2026-03-18 14/700 2026-03-19 22:38 by 学员8dgXkO
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +8 zlingli 2026-03-13 8/400 2026-03-19 16:32 by 轻松不少随
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭