| 查看: 1469 | 回复: 7 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
[求助]
打开由AMBER创建的pdb文件出现问题
|
|||
|
各位大神，小弟之前看一篇文章讲AMBER模拟的。小弟比较感兴趣，就想拿个由AMBER创建出来的pdb文件来玩玩。但将那些supporting information入边提供的坐标值贴到记事本，存成pdb文件后再打开却发现打不开。用PDBViewer、Sybyl和AMBER都打不开。 小弟以为是对得不齐整，就用tab键将那些坐标值全部对齐再开，一样打不开。将当中“RC”改成“C”也无效。 一番努力依旧无果，于是向各位大神求助。急，谢！ 原文：The Nuclear Magnetic Resonance of CCCC RNA Reveals a Right-Handed Helix, and Revised Parameters for AMBER Force Field Torsions Improve Structural Predictions from Molecular Dynamics, Biochemistry, 2013, 52 (6), pp 996–1010, DOI: 10.1021/bi3010347 附上此文supporting info及我复制到记事本后存的pdb文件供大家参考。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : bi3010347_si_001.pdf
- 附件 2 : rC4.pdb
2013-03-17 21:55:42, 7.31 M
2013-03-17 21:55:54, 4.74 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber |
» 猜你喜欢
321求调剂
已经有5人回复
-
一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂
已经有7人回复
-
一志愿天大材料与化工（085600）总分338
已经有5人回复
-
288求调剂
已经有3人回复
-
材料080500调剂求收留
已经有4人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有9人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有8人回复
-
一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂
已经有10人回复
-
一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂
已经有3人回复
-
332求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- AMBER的amberpdb命令出错问题
已经有4人回复
- 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
已经有4人回复
2楼2013-03-17 22:46:36
3楼2013-03-18 08:40:08
4楼2013-03-18 08:41:50
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 1850.4
- 散金: 1918
- 红花: 8
- 帖子: 812
- 在线: 220.2小时
- 虫号: 0
- 注册: 2009-03-18
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-18 15:21:30
welles.fong: 金币+1, ★有帮助 2013-03-19 21:33:21
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-18 15:21:30
welles.fong: 金币+1, ★有帮助 2013-03-19 21:33:21
 本帖仅楼主可见 |
5楼2013-03-18 12:37:39
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 1850.4
- 散金: 1918
- 红花: 8
- 帖子: 812
- 在线: 220.2小时
- 虫号: 0
- 注册: 2009-03-18
- 专业: 理论和计算化学
6楼2013-03-18 12:37:46
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
ben_ladeng: 金币+1, 等待楼主评分后，有版主会考查并授予EPI的。谢谢理解 2013-04-03 12:04:29
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 鼓励交流~ 2013-04-08 20:26:12
ben_ladeng: 金币+1, 等待楼主评分后，有版主会考查并授予EPI的。谢谢理解 2013-04-03 12:04:29
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 鼓励交流~ 2013-04-08 20:26:12
|
Amber模拟之后想得到PDB文件， 如果能得到模拟用的prmtop文件，和模拟生成的restart文件，用下面的命令就可以得到标准的PDB格式文件了。 ambpdb -p system.prmtop < output.rst > output.pdb 你复制粘贴的话，对齐不好就会出错了，这个你要弄明白PDB格式的意义。 Record Format COLUMNS DATA TYPE FIELD DEFINITION ------------------------------------------------------------------------------------- 1 - 6 Record name "ATOM " 7 - 11 Integer serial Atom serial number. 13 - 16 Atom name Atom name. 17 Character altLoc Alternate location indicator. 18 - 20 Residue name resName Residue name. 22 Character chainID Chain identifier. 23 - 26 Integer resSeq Residue sequence number. 27 AChar iCode Code for insertion of residues. 31 - 38 Real(8.3) x Orthogonal coordinates for X in Angstroms. 39 - 46 Real(8.3) y Orthogonal coordinates for Y in Angstroms. 47 - 54 Real(8.3) z Orthogonal coordinates for Z in Angstroms. 55 - 60 Real(6.2) occupancy Occupancy. 61 - 66 Real(6.2) tempFactor Temperature factor. 77 - 78 LString(2) element Element symbol, right-justified. 79 - 80 LString(2) charge Charge on the atom. 详细内容参考这里http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html#ATOM |
7楼2013-04-02 15:58:04
8楼2013-04-06 15:46:49
