| 查看: 5121 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
dxl20132009铜虫 (小有名气)
|
[求助]
amber 里生成pdb文件的命令 已有2人参与
|
|
| 我想看看跑完平衡后的结构，但是没有pdb文件，只有rst文件，看教程里说用AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.inpcrd > polyAT_wat.pdb，但是我输入后没有反应，怎么回事？能不能在跑平衡的脚本里加上一些关键词什么的，让它算完后，把最后一帧的结构转化为pdb格式的文件？ |
回复此楼» 猜你喜欢
085600材料与化工
已经有6人回复
-
281求调剂（0805）
已经有24人回复
-
265求调剂
已经有8人回复
-
0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章
已经有21人回复
-
295材料求调剂，一志愿武汉理工085601专硕
已经有4人回复
-
0856调剂，是学校就去
已经有9人回复
-
298-一志愿中国农业大学-求调剂
已经有9人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
学校已经提交到NSFC，还能修改吗？
已经有7人回复
-
材料学硕297已过四六级求调剂推荐
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用gromacs跑膜动力学
已经有3人回复
- 求助NAMD模拟后的结果如何处理
已经有10人回复
- 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件（无机非体系）
已经有6人回复
- 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力？？
已经有13人回复
- 用amber制作小分子力场参数时突然遇到的一些问题
已经有12人回复
- 怎样把膜的pdb文件转换成gro文件？
已经有9人回复
- 请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法？
已经有7人回复
- 高斯产生小分子参数问题
已经有6人回复
- 有没有软件可以截取pdb文件啊
已经有3人回复
- 请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？
已经有15人回复
- 打开由AMBER创建的pdb文件出现问题
已经有7人回复
- VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
已经有14人回复
- 如何使用gromacs进行多分子模拟？
已经有7人回复
- AMBER的amberpdb命令出错问题
已经有4人回复
- 如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
已经有7人回复
- 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
已经有4人回复
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
老曼7
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 5876.9
- 散金: 227
- 红花: 4
- 帖子: 506
- 在线: 109.5小时
- 虫号: 1941783
- 注册: 2012-08-16
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
7楼2014-08-07 16:01:28
★
感谢参与，应助指数 +1
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-16 15:55:06
感谢参与，应助指数 +1
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-16 15:55:06
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-07-09 13:03:19
dxl20132009
铜虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 2048.9
- 帖子: 57
- 在线: 66.2小时
- 虫号: 2894319
- 注册: 2013-12-25
- 性别: MM
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2014-07-09 16:47:04
★
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-16 15:55:14
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-16 15:55:14
|
本帖内容被屏蔽 |
4楼2014-07-09 17:27:10
