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nsaa001

铜虫 (初入文坛)

[求助] 有没有软件可以截取pdb文件啊

请教一下，我想从一个pdb文件里截取特定的一小段序列对应的结构，有没有软件可以截取pdb文件啊，比如说vmd可以吗？
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1楼 2013-06-17 19:51:59
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-17 20:21:12
VMD不太熟悉，pymol软件可以满足你的要求
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2楼2013-06-17 20:11:31
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-17 20:21:23
用记事本(或者写字板,ultraedit,editplus等等,推荐editplus)打开PDB文件...然后复制你要的那一段粘贴到一个新建文件里面就行了
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3楼2013-06-17 20:14:43
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
当然可以啦，VMD 非常方便的，

1、打个比方说，你需要的“一小段序列对应的结构” 是从38 到 54 个原子，则VMD 命令：

set sel [atomselect top "serial >=38 and serial <=54"]
$sel writepdb ok.pdb

这样你需要的部分就存在ok.pdb里了。

2、你也可以根据所需要的“一小段序列对应的结构”   的rename  resid 等等信息来选择。稍微看一下VMD 手册就知道了。
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4楼2013-06-17 20:27:42
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