24小时热门版块排行榜    

查看: 782  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

nsaa001

铜虫 (初入文坛)

[求助] 有没有软件可以截取pdb文件啊

请教一下,我想从一个pdb文件里截取特定的一小段序列对应的结构,有没有软件可以截取pdb文件啊,比如说vmd可以吗?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-17 20:21:23
用记事本(或者写字板,ultraedit,editplus等等,推荐editplus)打开PDB文件...然后复制你要的那一段粘贴到一个新建文件里面就行了
3楼2013-06-17 20:14:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-17 20:21:12
VMD不太熟悉,pymol软件可以满足你的要求
2楼2013-06-17 20:11:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
当然可以啦,VMD 非常方便的,

1、打个比方说,你需要的“一小段序列对应的结构” 是从38 到 54 个原子,则VMD 命令:

set sel [atomselect top "serial >=38 and serial <=54"]
$sel writepdb ok.pdb

这样你需要的部分就存在ok.pdb里了。

2、你也可以根据所需要的“一小段序列对应的结构”   的rename  resid 等等信息来选择。稍微看一下VMD 手册就知道了。
4楼2013-06-17 20:27:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂院校信息 +4 CX 330 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:48 by ms629
[考研] 一志愿211,0703化学310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-21 22:21 by peike
[考研] 材料工程专硕 348分求调剂 +3 冬辞. 2026-03-17 5/250 2026-03-21 18:47 by 学员8dgXkO
[考研] 317求调剂 +9 申子申申 2026-03-19 15/750 2026-03-21 17:31 by 学员8dgXkO
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +3 NIFFFfff 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:23 by luoyongfeng
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 15/750 2026-03-21 10:16 by 脱颖而出
[考研] 316求调剂 +6 梁茜雯 2026-03-19 6/300 2026-03-21 06:32 by Ecowxq666!
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 初始318分求调剂(有工作经验) +3 1911236844 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:46 by JourneyLucky
[考研] 324求调剂 +5 lucky呀呀呀鸭 2026-03-20 5/250 2026-03-20 22:30 by 促天成
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 0856调剂,是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
信息提示
请填处理意见