| 查看: 1888 | 回复: 6 | ||
xieluxielu木虫 (著名写手)
天天
|
[求助]
如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件(无机非体系) 已有3人参与
|
|
请教各位, 如何用*.pdb的格式的文件生成*.psf的格式的文件,模型属于无机非体系,包含硅原子和铜原子 用vmd的atomatic psf builder 搞不定(文件已上传) 谢谢! |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 3D_Atomistic_(2).pdb
2014-04-09 16:55:45, 823 K
» 猜你喜欢
自荐读博
已经有4人回复
想换工作。大多数高校都是 评职称时 认可5年内在原单位取得的成果吗?
已经有6人回复
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士
已经有4人回复
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文,论文内容以实验为主,投什么期刊合适?
已经有6人回复
带资进组求博导收留
已经有10人回复
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章
已经有11人回复
需要合成515-64-0,50g,能接单的留言
已经有3人回复
中科院杭州医学所招收博士生一名(生物分析化学、药物递送)
已经有3人回复
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
把分子pdb文件修改后无法使用
已经有17人回复
LAMMPS的轨迹文件怎么转换为VMD的PDB文件
已经有7人回复
namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
已经有6人回复
pdb文件打开二硫键
已经有6人回复
psf 不生成C-H键
已经有3人回复
top文件格式问题
已经有3人回复
vmd做pdb格式文件的动画求助
已经有12人回复
VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
已经有14人回复
如何做二肽的pdb和psf文件,望高手赐教,急急。
已经有5人回复
求助如何生成有机物Amber的输入文件,无PDB文件。
已经有4人回复
如何制作简单的化学分子的pdb文件
已经有11人回复
pdb文件,top文件
已经有6人回复
psf文件中 每一个参数的意义
已经有7人回复
【求助】无法生成环糊精的psf文件
已经有4人回复
【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf?pdb??谢谢指点
已经有14人回复
【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
【求助】只是优化后文件,没有restart文件,能继续跑吗
已经有22人回复
【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
【求助】有人模拟过电泳吗
已经有9人回复
【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
【求助】namd、vmd推荐个学习修改和编写脚本网站和地方吧
已经有3人回复
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xieluxielu: 金币+5, ★有帮助, 谢谢,我仔细看看 2014-04-09 17:49:37
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-17 18:55:50
感谢参与,应助指数 +1
xieluxielu: 金币+5, ★有帮助, 谢谢,我仔细看看 2014-04-09 17:49:37
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-17 18:55:50
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-04-09 17:41:38
xieluxielu
木虫 (著名写手)
天天
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3070.6
- 散金: 743
- 红花: 4
- 帖子: 1640
- 在线: 172小时
- 虫号: 503460
- 注册: 2008-02-15
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属材料
3楼2014-04-10 17:19:34
4楼2014-04-17 10:50:54
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-04-17 18:56:01
xieluxielu: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-04-18 14:25:40
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-04-17 18:56:01
xieluxielu: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-04-18 14:25:40
|
so easy! 把你的PDB文件载入VMD,然后使用命令: set all [atomselect top all] $all writepsf soEasy.psf |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : soEasy.psf
2014-04-17 12:28:23, 800.03 K
5楼2014-04-17 12:28:24
6楼2014-04-17 12:30:12
xieluxielu
木虫 (著名写手)
天天
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3070.6
- 散金: 743
- 红花: 4
- 帖子: 1640
- 在线: 172小时
- 虫号: 503460
- 注册: 2008-02-15
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属材料
7楼2014-04-18 14:26:10







回复此楼