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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件（无机非体系）
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xieluxielu

木虫 (著名写手)

天天

[求助] 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件（无机非体系） 已有3人参与

请教各位，

如何用*.pdb的格式的文件生成*.psf的格式的文件，模型属于无机非体系，包含硅原子和铜原子
用vmd的atomatic psf builder 搞不定（文件已上传）

谢谢！
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  • 附件 1 : 3D_Atomistic_(2).pdb
    • 2014-04-09 16:55:45, 823 K

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1楼 2014-04-09 16:56:45
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xieluxielu: 金币+5, ★有帮助, 谢谢，我仔细看看 2014-04-09 17:49:37
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:55:50
本帖内容被屏蔽
2楼2014-04-09 17:41:38
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xieluxielu

木虫 (著名写手)

天天
顶起来
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3楼2014-04-10 17:19:34
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ningll10

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:55:59
xieluxielu: 金币+2, ★有帮助 2014-04-18 14:25:15
得有拓扑啊，得有体系的拓扑，没有的话是不能生成的
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4楼2014-04-17 10:50:54
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-17 18:56:01
xieluxielu: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-04-18 14:25:40
so easy!
把你的PDB文件载入VMD，然后使用命令：

set all [atomselect top all]
$all writepsf soEasy.psf
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  • 附件 1 : soEasy.psf
    • 2014-04-17 12:28:23, 800.03 K
5楼2014-04-17 12:28:24
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-04-17 18:56:06
补充说明，上面那个soEasy.psf 文件中只有你PDB文件包含的成键信息，如果需要角，二面角等信息，可以使用VMD的插件添加。
具体操作查看手册吧。
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6楼2014-04-17 12:30:12
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xieluxielu

木虫 (著名写手)

天天
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-17 05:28:24
so easy!
把你的PDB文件载入VMD，然后使用命令：

set all
$all writepsf soEasy.psf

谢谢您，我先建一下试一试，
赞一下 回复此楼
7楼2014-04-18 14:26:10
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