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nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] 【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf?pdb??谢谢指点 已有3人参与

我自己模建的一个蛋白的三维结构,平衡动力学后,RMSD值也不错,就想生成像结晶那样含有水分子的pdb,以便后面的分析。我用这个命令生成的是含水合子的:
载入boule_wb.psf
载入boule_wb_eq.dcd
然后在Tk里输入:
set all [atomselect top protein]
$all writepdb final.pdb
$all writepsf final.psf
怎样才能生成像结晶那样含有水分子的pdb呢?、谢谢各位指点了
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nufang19a

金虫 (正式写手)


使用的是NAMD VND软件
2楼2010-12-20 11:01:48
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nufang19a

金虫 (正式写手)


自己顶上去,期待回答
3楼2010-12-20 11:30:10
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nufang19a

金虫 (正式写手)


还是自己顶
4楼2010-12-20 11:58:55
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nufang19a

金虫 (正式写手)


其实,水加进去之后于蛋白有作用的也就是vdm及电势作用
5楼2010-12-20 13:51:00
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nufang19a

金虫 (正式写手)


set all [atomselect top all]
改成:set complex [atomselect top "protein and vdw"]行不通
那该怎样修改呢?请各位指点

[ Last edited by nufang19a on 2010-12-20 at 14:07 ]
6楼2010-12-20 14:04:29
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nufang19a

金虫 (正式写手)


可是想想一般考虑配体的时候才分析范德华力啊,很晕,每一个明确的思路。那电势呢?、大家说说呗
7楼2010-12-20 14:07:52
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nufang19a

金虫 (正式写手)


自己顶上去,期待大家的回复
8楼2010-12-20 14:47:16
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nufang19a

金虫 (正式写手)


现在的问题是:
蛋白外面的水分子不要,蛋白内部的水分子要,可是哪些要我搞不清楚。
9楼2010-12-20 16:05:09
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nufang19a

金虫 (正式写手)


就是内部应该存在的水分子留下,其他的水分子全delete掉。
这个问题可能无法解决了,很伤心
10楼2010-12-20 16:46:44
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