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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf？pdb？？谢谢指点
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nufang19a

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf？pdb？？谢谢指点已有3人参与

我自己模建的一个蛋白的三维结构，平衡动力学后，RMSD值也不错，就想生成像结晶那样含有水分子的pdb，以便后面的分析。我用这个命令生成的是含水合子的：
载入boule_wb.psf
载入boule_wb_eq.dcd
然后在Tk里输入：
set all [atomselect top protein]
$all writepdb final.pdb
$all writepsf final.psf
怎样才能生成像结晶那样含有水分子的pdb呢？、谢谢各位指点了
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1楼2010-12-20 10:59:20
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nufang19a

金虫 (正式写手)
使用的是NAMD VND软件
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2楼2010-12-20 11:01:48
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nufang19a

金虫 (正式写手)
自己顶上去，期待回答
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3楼2010-12-20 11:30:10
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nufang19a

金虫 (正式写手)
还是自己顶
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4楼2010-12-20 11:58:55
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nufang19a

金虫 (正式写手)
其实，水加进去之后于蛋白有作用的也就是vdm及电势作用
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5楼2010-12-20 13:51:00
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nufang19a

金虫 (正式写手)
set all [atomselect top all]
改成：set complex [atomselect top "protein and vdw"]行不通
那该怎样修改呢？请各位指点

[ Last edited by nufang19a on 2010-12-20 at 14:07 ]
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6楼2010-12-20 14:04:29
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nufang19a

金虫 (正式写手)
可是想想一般考虑配体的时候才分析范德华力啊，很晕，每一个明确的思路。那电势呢？、大家说说呗
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7楼2010-12-20 14:07:52
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nufang19a

金虫 (正式写手)
自己顶上去，期待大家的回复
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8楼2010-12-20 14:47:16
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nufang19a

金虫 (正式写手)
现在的问题是：
蛋白外面的水分子不要，蛋白内部的水分子要，可是哪些要我搞不清楚。
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9楼2010-12-20 16:05:09
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nufang19a

金虫 (正式写手)
就是内部应该存在的水分子留下，其他的水分子全delete掉。
这个问题可能无法解决了，很伤心
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10楼2010-12-20 16:46:44
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