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nufang19a

金虫 (正式写手)
我再顶我再顶我再顶我再顶
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11楼2010-12-20 17:16:53
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):鼓励交流！ 2010-12-20 22:19:02
我有一个思路，不过，也比较笨，仅限参考吧！
可以通过measure minmax 来得到protein的
x,y,z方向上的最大值，protein内部的水肯定要在这个范围内，
我认为这样可以删掉很多水了，如果你的那个protein比较规整的话，
这样也许可以达到目的
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12楼2010-12-20 19:35:20
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nufang19a

金虫 (正式写手)
这是个方法，谢谢。我怎么就没想到呢
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13楼2010-12-20 19:41:12
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不谢啦，你如果有办法解决了，可不可以发上来，我学习一下，谢谢！
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14楼2010-12-21 10:26:45
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+5):thank you 2010-12-21 21:20:28
set wt [atomselect top "water and within 3 of protein"]
这样可以选择距离蛋白质3A以内的水分子
set wt [atomselect top "water and sqrt((sqr(x)+sqr(y)+sqr(z))<10"]
这样可以选择以0 0 0为球心的球形内部的水分子

灵活结合这两个描述，应该能解决你的问题。

把上述描述写到Graphical representation去，可以直观的检测你的选择是否正确
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15楼2010-12-21 15:54:28
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