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【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf？pdb？？谢谢指点 已有3人参与
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我自己模建的一个蛋白的三维结构，平衡动力学后，RMSD值也不错，就想生成像结晶那样含有水分子的pdb，以便后面的分析。我用这个命令生成的是含水合子的： 载入boule_wb.psf 载入boule_wb_eq.dcd 然后在Tk里输入： set all [atomselect top protein] $all writepdb final.pdb $all writepsf final.psf 怎样才能生成像结晶那样含有水分子的pdb呢？、谢谢各位指点了 |
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