24小时热门版块排行榜    

查看: 1485  |  回复: 14

nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] 【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf?pdb??谢谢指点 已有3人参与

我自己模建的一个蛋白的三维结构,平衡动力学后,RMSD值也不错,就想生成像结晶那样含有水分子的pdb,以便后面的分析。我用这个命令生成的是含水合子的:
载入boule_wb.psf
载入boule_wb_eq.dcd
然后在Tk里输入:
set all [atomselect top protein]
$all writepdb final.pdb
$all writepsf final.psf
怎样才能生成像结晶那样含有水分子的pdb呢?、谢谢各位指点了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


使用的是NAMD VND软件
2楼2010-12-20 11:01:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


自己顶上去,期待回答
3楼2010-12-20 11:30:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


还是自己顶
4楼2010-12-20 11:58:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


其实,水加进去之后于蛋白有作用的也就是vdm及电势作用
5楼2010-12-20 13:51:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


set all [atomselect top all]
改成:set complex [atomselect top "protein and vdw"]行不通
那该怎样修改呢?请各位指点

[ Last edited by nufang19a on 2010-12-20 at 14:07 ]
6楼2010-12-20 14:04:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


可是想想一般考虑配体的时候才分析范德华力啊,很晕,每一个明确的思路。那电势呢?、大家说说呗
7楼2010-12-20 14:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


自己顶上去,期待大家的回复
8楼2010-12-20 14:47:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


现在的问题是:
蛋白外面的水分子不要,蛋白内部的水分子要,可是哪些要我搞不清楚。
9楼2010-12-20 16:05:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


就是内部应该存在的水分子留下,其他的水分子全delete掉。
这个问题可能无法解决了,很伤心
10楼2010-12-20 16:46:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nufang19a 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:21 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 3/150 2026-08-30 20:10 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zICmwzsBXjbN 2026-08-29 5/250 2026-08-30 20:08 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:46 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 18:53 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 9/450 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:33 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:14 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +8 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 12/600 2026-08-30 17:11 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:03 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 14:03 by GkCVyODlx4mR
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 11:19 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 29号明天会评吗 +3 笨笨唐 2026-08-28 3/150 2026-08-30 09:29 by cww8181
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 05:48 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
信息提示
请填处理意见