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【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf？pdb？？谢谢指点 已有3人参与
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我自己模建的一个蛋白的三维结构，平衡动力学后，RMSD值也不错，就想生成像结晶那样含有水分子的pdb，以便后面的分析。我用这个命令生成的是含水合子的： 载入boule_wb.psf 载入boule_wb_eq.dcd 然后在Tk里输入： set all [atomselect top protein] $all writepdb final.pdb $all writepsf final.psf 怎样才能生成像结晶那样含有水分子的pdb呢？、谢谢各位指点了 |
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wally8962
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+5):thank you 2010-12-21 21:20:28
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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set wt [atomselect top "water and within 3 of protein"] 这样可以选择距离蛋白质3A以内的水分子 set wt [atomselect top "water and sqrt((sqr(x)+sqr(y)+sqr(z))<10"] 这样可以选择以0 0 0为球心的球形内部的水分子 灵活结合这两个描述，应该能解决你的问题。 把上述描述写到Graphical representation去，可以直观的检测你的选择是否正确 |
15楼2010-12-21 15:54:28
2楼2010-12-20 11:01:48
3楼2010-12-20 11:30:10
5楼2010-12-20 13:51:00