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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » psf 不生成C-H键
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林祎

木虫 (正式写手)

[求助] psf 不生成C-H键

我想将蛋白子的PDB利用VMD生成PSF文件，我想不生成类似C-H键，图1为我生成的，图2为目标，显然图2中没有C-H这类的氢原子的干扰，
实在没辙了，请求高人指点，谢谢

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1楼 2013-03-06 00:00:16
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-06 08:35:59
林祎: 金币+5, 我想到办法了，就是生成psf文件后在选择原子导出 2013-03-06 12:22:13
林祎: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-06 12:24:05
psf 是根据top文件（default 全原子的）中各个氨基酸的结构定义而来，psfgen 根据 top将通常原始的PDB（x-ray） 中缺少的原子补全。所以即使你要生成 不含H，只能去修改top. 可以参考 charmm 力场官网中 top 压缩包 中notcharmm 文件夹，其中包括使用联合原子的gromos的top.
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戒微博
2楼2013-03-06 08:23:31
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
林祎: 金币+5, 回复同上，就是生成psf文件后在选择原子导出 2013-03-06 12:23:46
林祎: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-06 12:24:14
引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2013-03-06 08:23:31
psf 是根据top文件（default 全原子的）中各个氨基酸的结构定义而来，psfgen 根据 top将通常原始的PDB（x-ray） 中缺少的原子补全。所以即使你要生成 不含H，只能去修改top. 可以参考 charmm 力场官网中 top 压缩包 ...

我有个比较愚蠢的办法，VMD 的 InorganicBuilder 的插件中，Task下面有个Add bonds
利用这个功能可以实现，不添加与H 有关的键。
里面可以选择根据原子类型来添加键，如果你知道其他你需要添加键的原子类型，把他们都列出来即可。
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3楼2013-03-06 08:39:19
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qianxiong

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2013-03-06 08:23:31
psf 是根据top文件（default 全原子的）中各个氨基酸的结构定义而来，psfgen 根据 top将通常原始的PDB（x-ray） 中缺少的原子补全。所以即使你要生成 不含H，只能去修改top. 可以参考 charmm 力场官网中 top 压缩包 ...

补充一下：namd 常用的 charmm27/31/36 都是全原子的。而gromos的联合原子模型就不含非极性氢，并且 “charmm 力场官网中 top 压缩包 中notcharmm 文件夹” 已是 charmm的书写格式，可以直接用
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戒微博
4楼2013-03-06 08:51:39
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