| 查看: 1064 | 回复: 3 | ||
林祎木虫 (正式写手)
|
[求助]
psf 不生成C-H键
|
|
我想将蛋白子的PDB利用VMD生成PSF文件，我想不生成类似C-H键，图1为我生成的，图2为目标，显然图2中没有C-H这类的氢原子的干扰， 实在没辙了，请求高人指点，谢谢  1.png  2.png |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 生成psf时，出现unknown atom type
已经有14人回复
- 酰胺键的生成与断开
已经有15人回复
- VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
已经有14人回复
- 小女子求助伯胺与硫氰酸根的反应生成硫脲键的反应相关文献
已经有5人回复
- 合成中是否有共价键生成的证明
已经有5人回复
- 在催化剂表面进行改性修饰，怎么确定Mg-o-Al键的生成或者Mg-o-Si的生成
已经有13人回复
- 甲烷中的C-H键能是多少？
已经有4人回复
- VMD 动态成键 如何定义成断键
已经有11人回复
- 某糖原分子生成 n 个葡糖-1-磷酸，该糖原可能有多少个分支及多少个α-（1—6）糖苷键
已经有4人回复
- 羧基与水合肼反应生成酰肼反应再成腙键的具体反应操作
已经有6人回复
- 请问氨基和羧基反应生成酰胺键的反应能否在乙醇溶液中进行？
已经有16人回复
- 【求助】无法生成环糊精的psf文件
已经有4人回复
- 【讨论】水分子的两个HT原子之间不应该成键
已经有8人回复
- 【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型
已经有10人回复
- 【交流】壳聚糖（脱乙酰度近似100%，R-NH2）和羧酸加热生成酰胺键的测定（氨基取代度�
已经有19人回复
- 【讨论】在肟的氮上生成新的碳氮单键但是不影响原有的碳氮双键
已经有6人回复
- 【求助】有没有用DS软件做细胞膜的模拟的？
已经有7人回复
- 【请教】关于生成键长键角问题的求助
已经有9人回复
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已经有11人回复
- 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
已经有22人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
qianxiong
铜虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1882.2
- 红花: 3
- 帖子: 75
- 在线: 110.5小时
- 虫号: 1641543
- 注册: 2012-02-25
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-06 08:35:59
林祎: 金币+5, 我想到办法了，就是生成psf文件后在选择原子导出 2013-03-06 12:22:13
林祎: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-06 12:24:05
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-06 08:35:59
林祎: 金币+5, 我想到办法了，就是生成psf文件后在选择原子导出 2013-03-06 12:22:13
林祎: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-06 12:24:05
| psf 是根据top文件（default 全原子的）中各个氨基酸的结构定义而来，psfgen 根据 top将通常原始的PDB（x-ray） 中缺少的原子补全。所以即使你要生成 不含H，只能去修改top. 可以参考 charmm 力场官网中 top 压缩包 中notcharmm 文件夹，其中包括使用联合原子的gromos的top. |
2楼2013-03-06 08:23:31
3楼2013-03-06 08:39:19
qianxiong
铜虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1882.2
- 红花: 3
- 帖子: 75
- 在线: 110.5小时
- 虫号: 1641543
- 注册: 2012-02-25
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2013-03-06 08:51:39
