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林祎木虫 (正式写手)
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[求助]
psf 不生成C-H键
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我想将蛋白子的PDB利用VMD生成PSF文件，我想不生成类似C-H键，图1为我生成的，图2为目标，显然图2中没有C-H这类的氢原子的干扰， 实在没辙了，请求高人指点，谢谢  1.png  2.png |
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qianxiong
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-06 08:35:59
林祎: 金币+5, 我想到办法了，就是生成psf文件后在选择原子导出 2013-03-06 12:22:13
林祎: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-06 12:24:05
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| psf 是根据top文件（default 全原子的）中各个氨基酸的结构定义而来，psfgen 根据 top将通常原始的PDB（x-ray） 中缺少的原子补全。所以即使你要生成 不含H，只能去修改top. 可以参考 charmm 力场官网中 top 压缩包 中notcharmm 文件夹，其中包括使用联合原子的gromos的top. |
2楼2013-03-06 08:23:31
3楼2013-03-06 08:39:19
qianxiong
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