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xiaoze123

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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-18 11:15:34
unknown atom type CG202

在你的top文件中,有“ CG202” 这个定义吗?
2楼2012-10-16 09:22:19
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xiaoze123

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3楼2012-10-16 09:42:11
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jiaoyixiong

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★ ★ ★ ★
xiaoze123: 金币+1, 有帮助 2012-10-16 11:06:41
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-18 11:15:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-10-16 09:42:11
嗯,是有这个定义的
我刚才重新把CG202这一行重新写了一遍,就好了。
我也不知道是怎么回事,同样的内容再写一遍就对了。
目前问题已解决了...

你是不是在XP系统下编辑的?
如果在XP下编辑,在linux下运行的话,要转换一下,用 dos2unix 命令。
4楼2012-10-16 10:48:30
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xiaoze123

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5楼2012-10-16 11:05:02
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jiaoyixiong

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引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-10-16 11:05:02
请问如果要写PDMS单体的top文件,单体中含有Si原子,是不是par文件也要自己写呀...

这个不清楚,我没有做过
6楼2012-10-16 11:08:34
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xiaoze123

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7楼2012-10-16 11:34:41
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jiaoyixiong

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★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-18 11:15:48
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-10-16 11:34:41
嗯,请问如果自己在力场文件中添加一些参数,有什么好的建议呢?
通过相似粗略确定,还是其他的什么方法呢?...

推荐看看http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
NAMD 官网上的有关DNA的例子,charmm力场没有二氧化铝,和氮化硅的参数,但是这个例子告诉你如何在里面建立模拟体系。
8楼2012-10-16 11:37:49
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xiaoze123

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9楼2012-10-16 14:41:54
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blueybz

木虫 (正式写手)

内容已删除
10楼2012-11-05 12:52:59
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