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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 生成psf时，出现unknown atom type
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xiaoze123

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blueybz

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1楼 2012-10-16 08:42:33
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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-18 11:15:34
unknown atom type CG202

在你的top文件中，有“ CG202” 这个定义吗？
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2楼2012-10-16 09:22:19
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xiaoze123

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3楼2012-10-16 09:42:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
xiaoze123: 金币+1, ★有帮助 2012-10-16 11:06:41
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-18 11:15:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-10-16 09:42:11
嗯，是有这个定义的
我刚才重新把CG202这一行重新写了一遍，就好了。
我也不知道是怎么回事，同样的内容再写一遍就对了。
目前问题已解决了...

你是不是在XP系统下编辑的？
如果在XP下编辑，在linux下运行的话，要转换一下，用 dos2unix 命令。
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4楼2012-10-16 10:48:30
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xiaoze123

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5楼2012-10-16 11:05:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-10-16 11:05:02
请问如果要写PDMS单体的top文件，单体中含有Si原子，是不是par文件也要自己写呀...

这个不清楚，我没有做过
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6楼2012-10-16 11:08:34
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xiaoze123

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7楼2012-10-16 11:34:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-18 11:15:48
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-10-16 11:34:41
嗯，请问如果自己在力场文件中添加一些参数，有什么好的建议呢？
通过相似粗略确定，还是其他的什么方法呢？...

推荐看看http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
NAMD 官网上的有关DNA的例子，charmm力场没有二氧化铝，和氮化硅的参数，但是这个例子告诉你如何在里面建立模拟体系。
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8楼2012-10-16 11:37:49
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xiaoze123

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9楼2012-10-16 14:41:54
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blueybz

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10楼2012-11-05 12:52:59
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