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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 生成psf时，出现unknown atom type
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-08 08:03:12
引用回帖:
10楼: Originally posted by blueybz at 2012-11-05 12:52:59
请问版主，这个psf文件，就是可以和pdb一起可以生成lammps的data文件的吧？这里面的力场有哪几种啊?...

是的，你好好看看NAMD 的例子，把PSF PDB 一起倒入VMD 再转换成lammps的data文件，NAMD 只能用charmm力场。

具体怎么转换，lammps的tools里有个转换脚本，去研究一下就知道了。
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11楼2012-11-05 13:50:02
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xiaoze123

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
12楼2012-11-06 10:23:47
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blueybz

木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-11-06 10:23:47
其实对于lammps的ｄａｔａ文件的生成方法很多，比如可以利用ＭＳ建立模型，然后采用ｌａｍｍｐｓ自带的ｍｓｉ２ｌｍｐ工具就可以方便的转换啦。
不过大部分的ｄａｔａ文件，都可以自己编程生成的

楼主，推荐个编程语言吧，好学又比较实用的
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13楼2012-11-07 12:18:44
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xiaoze123

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
14楼2012-11-07 16:58:44
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blueybz

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
谢谢楼主，我准备学matlab
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15楼2012-11-08 06:05:59
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