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xiaoze123

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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-08 08:03:12
引用回帖:
10楼: Originally posted by blueybz at 2012-11-05 12:52:59
请问版主,这个psf文件,就是可以和pdb一起可以生成lammps的data文件的吧?这里面的力场有哪几种啊?...

是的,你好好看看NAMD 的例子,把PSF PDB 一起倒入VMD 再转换成lammps的data文件,NAMD 只能用charmm力场。

具体怎么转换,lammps的tools里有个转换脚本,去研究一下就知道了。
11楼2012-11-05 13:50:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-18 11:15:34
unknown atom type CG202

在你的top文件中,有“ CG202” 这个定义吗?
2楼2012-10-16 09:22:19
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xiaoze123

禁虫 (初入文坛)

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3楼2012-10-16 09:42:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
xiaoze123: 金币+1, 有帮助 2012-10-16 11:06:41
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-18 11:15:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-10-16 09:42:11
嗯,是有这个定义的
我刚才重新把CG202这一行重新写了一遍,就好了。
我也不知道是怎么回事,同样的内容再写一遍就对了。
目前问题已解决了...

你是不是在XP系统下编辑的?
如果在XP下编辑,在linux下运行的话,要转换一下,用 dos2unix 命令。
4楼2012-10-16 10:48:30
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