24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1500  |  回复: 3

nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] MS生成的石墨烯和纳米管导出后使用vmd的问题 已有2人参与

各位兄弟,我使用MS建了纳米管和石墨烯,并且已经将石墨烯和纳米管结合,在纳米管和石墨烯结合时删掉了石墨烯适当的原子,导出文件时pdb格式的,使用vmd加载时可以成功加载,可是生成psf文件时,vmd出了问题:

而且我在直接双击导出的pdb文件,也是打不开的:

没办法了,我只有先加载导出的pdb文件,然后生成了一个pdb文件,并命名为1.pdb,当我使用graph.pdb再生成psf文件时,又出现了问题:

生成psf文件我是这样写的pgn文件:
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb graph.pdb}
coordpdb graph.pdb U
guesscoord
writepdb graphi.pdb
writepsf graphi.psf
各位兄弟,帮我分析一下吧,我能力有限,期待兄弟们的回复,先谢谢了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


大家说是不是我的pgn文件写的不对啊??
2楼2011-06-03 21:09:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-05 22:42:51
如果PDB能正常使用,就说明你的草作有问题。

想问下LZ,你直接用PDB不行吗?我是做GROMACS的,一般不用PSF呵呵
3楼2011-06-05 22:31:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tobetheone

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您好,看到您几年前的这个帖子,想问一下您做石墨烯和纳米管结合的PDB是怎样写得呢?
一个寻找理想的人
4楼2015-04-17 15:25:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nufang19a 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 22408 调剂材料 +5 我叫ez 2026-04-06 6/300 2026-04-07 01:28 by going home
[考研] 085404 293求调剂 +4 勇远库爱314 2026-04-06 4/200 2026-04-06 22:32 by chenzhimin
[考研] 一志愿吉大化学327求调剂 +6 王王白石 2026-04-06 7/350 2026-04-06 21:46 by dongzh2009
[考研] 0854求调剂 +7 亨氏番茄沙司 2026-04-06 8/400 2026-04-06 17:27 by 土木硕士招生
[考研] 材料与化工专硕306分找合适调剂 +6 沧海轻舟e 2026-04-06 6/300 2026-04-06 10:02 by lqwchd
[考研] 材料调剂 +6 一样YWY 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:30 by 南航~万老师
[考研] 301求调剂 +3 XYPLR 2026-04-05 4/200 2026-04-05 19:07 by XYPLR
[考研] 复试调剂 +8 春日来信- 2026-04-03 8/400 2026-04-05 18:58 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +7 dxy调剂 2026-04-04 7/350 2026-04-05 09:15 by 陌秋26
[考研] 能动调剂326专硕 +4 wan112233 2026-04-04 4/200 2026-04-04 22:47 by yu221
[考研] 341求调剂 +3 洛多罗 2026-04-02 4/200 2026-04-04 21:36 by 智能智慧
[考研] 283求调剂 +4 mcbbc 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:51 by imissbao
[考研] 一志愿华南师范361分,化学求调剂 +7 Nicole88888 2026-04-01 7/350 2026-04-04 18:28 by macy2011
[考研] 材料295 +13 小英11 2026-04-03 14/700 2026-04-04 09:02 by 来看流星雨10
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-03 6/300 2026-04-03 20:46 by 欣喜777
[考研] 11408,284分,二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 303求调剂 +3 一色清羽 2026-04-02 4/200 2026-04-03 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿深大085601材料工程专业(专硕)300分可以调剂去哪 +8 10160315 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:36 by hypershenger
[考研] 求调剂22408 288分 +5 new382 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:13 by 醉在风里
[考研] 348环境工程调剂 +3 吴彦祖24k 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:14 by nanaliuyun
信息提示
请填处理意见