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[交流]
MS生成的石墨烯和纳米管导出后使用vmd的问题 已有2人参与
各位兄弟,我使用MS建了纳米管和石墨烯,并且已经将石墨烯和纳米管结合,在纳米管和石墨烯结合时删掉了石墨烯适当的原子,导出文件时pdb格式的,使用vmd加载时可以成功加载,可是生成psf文件时,vmd出了问题:
![]()
而且我在直接双击导出的pdb文件,也是打不开的:
![]()
没办法了,我只有先加载导出的pdb文件,然后生成了一个pdb文件,并命名为1.pdb,当我使用graph.pdb再生成psf文件时,又出现了问题:
![]()
生成psf文件我是这样写的pgn文件:
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb graph.pdb}
coordpdb graph.pdb U
guesscoord
writepdb graphi.pdb
writepsf graphi.psf
各位兄弟,帮我分析一下吧,我能力有限,期待兄弟们的回复,先谢谢了。 |
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