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nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] MS生成的石墨烯和纳米管导出后使用vmd的问题 已有2人参与

各位兄弟,我使用MS建了纳米管和石墨烯,并且已经将石墨烯和纳米管结合,在纳米管和石墨烯结合时删掉了石墨烯适当的原子,导出文件时pdb格式的,使用vmd加载时可以成功加载,可是生成psf文件时,vmd出了问题:

而且我在直接双击导出的pdb文件,也是打不开的:

没办法了,我只有先加载导出的pdb文件,然后生成了一个pdb文件,并命名为1.pdb,当我使用graph.pdb再生成psf文件时,又出现了问题:

生成psf文件我是这样写的pgn文件:
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb graph.pdb}
coordpdb graph.pdb U
guesscoord
writepdb graphi.pdb
writepsf graphi.psf
各位兄弟,帮我分析一下吧,我能力有限,期待兄弟们的回复,先谢谢了。
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tobetheone

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您好,看到您几年前的这个帖子,想问一下您做石墨烯和纳米管结合的PDB是怎样写得呢?
一个寻找理想的人
4楼2015-04-17 15:25:08
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nufang19a

金虫 (正式写手)


大家说是不是我的pgn文件写的不对啊??
2楼2011-06-03 21:09:00
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-05 22:42:51
如果PDB能正常使用,就说明你的草作有问题。

想问下LZ,你直接用PDB不行吗?我是做GROMACS的,一般不用PSF呵呵
3楼2011-06-05 22:31:24
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