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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型
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chinayhb

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型

我现在想做细胞膜嵌套蛋白质的分子模拟，可是模型建立不知道用什么方法好，希望高手指导。我试了试VMD，觉得不怎么好用啊，还要手动拖拉蛋白质分子去重叠POPC膜，这样做准确吗?
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1楼2010-12-02 09:12:50
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-02 13:42:39
chinayhb(金币+5): 2010-12-02 15:08:36
现在还没有很方便的法子。
非常依赖经验。
用vmd也不至于用手拖，可以用命令或者写脚本程序。
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2楼2010-12-02 13:37:20
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chinayhb

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-02 13:37:20:
现在还没有很方便的法子。
非常依赖经验。
用vmd也不至于用手拖，可以用命令或者写脚本程序。

用VMD的脚本命令和程序是不是可以下载到，你有吗，能不能给我传一份？
VMD的时候需要生成蛋白质的psf文件，有的原子说不能参数化是怎么回事，好像是删除后才能继续，怎么办
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3楼2010-12-02 15:14:47
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zyj8119

木虫 (著名写手)
chinayhb(金币+1): 2010-12-03 08:42:34
引用回帖:
Originally posted by chinayhb at 2010-12-02 09:12:50:
我现在想做细胞膜嵌套蛋白质的分子模拟，可是模型建立不知道用什么方法好，希望高手指导。我试了试VMD，觉得不怎么好用啊，还要手动拖拉蛋白质分子去重叠POPC膜，这样做准确吗?

packmol可以吗？
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4楼2010-12-02 15:55:04
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-02 22:13:36
chinayhb(金币+2): 2010-12-03 08:41:28
搜小木虫“膜蛋白”关键词，有位高人写了个用gromacs算的，内容很全
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5楼2010-12-02 18:17:26
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-02 22:13:30
chinayhb(金币+2): 2010-12-03 08:42:46
引用回帖:
Originally posted by chinayhb at 2010-12-02 15:14:47:


用VMD的脚本命令和程序是不是可以下载到，你有吗，能不能给我传一份？
VMD的时候需要生成蛋白质的psf文件，有的原子说不能参数化是怎么回事，好像是删除后才能继续，怎么办

你到namd网站去下一个mem protein的tutorial，学了之后基本上就会了。

不能参数化是你用的参数文件中没有你的pdb中的原子类型。一个个去检查 吧
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6楼2010-12-02 20:49:18
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chinayhb

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2010-12-02 18:17:26:
搜小木虫“膜蛋白”关键词，有位高人写了个用gromacs算的，内容很全

我怎么没找到啊，你能不能把链接给我发一下，谢谢了
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7楼2010-12-03 08:48:56
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chinayhb

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2010-12-02 18:17:26:
搜小木虫“膜蛋白”关键词，有位高人写了个用gromacs算的，内容很全

我找到那个小木虫的关于gromacs做膜蛋白的帖子了，是不是那个membraneprotein.doc文件？还是大侠你整理的啊，可是我下载不了啊，你能不能给我发一份啊，万分感谢，我邮箱是china0527yhb@163.com
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8楼2010-12-03 09:12:56
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):thank you 2010-12-03 15:30:04
引用回帖:
Originally posted by chinayhb at 2010-12-03 09:12:56:


我找到那个小木虫的关于gromacs做膜蛋白的帖子了，是不是那个membraneprotein.doc文件？还是大侠你整理的啊，可是我下载不了啊，你能不能给我发一份啊，万分感谢，我邮箱是china0527yhb@163.com

抱歉，我找了半天也没找到那个文档。。。给你个网址你自己看吧。。。
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html
另外楼上说的那个NAMD的膜蛋白教程你也可以看看，不过我看了一遍没大看懂。。。
还有楼主，我上面说的让你搜膜蛋白，不是让你搜我这个。。。我不是高人。。。有位高人专门写了个膜蛋白用gromacs做的步骤和很多脚本。。你可以看看

[ Last edited by qzhaosdu on 2010-12-3 at 12:35 ]
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9楼2010-12-03 12:32:19
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-03 17:02:15
namd做膜蛋白上手比gromacs简单
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10楼2010-12-03 16:54:23
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douwenhui

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by qzhaosdu at 2010-12-03 12:32:19
抱歉，我找了半天也没找到那个文档。。。给你个网址你自己看吧。。。
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html
另外楼上说的那个NAMD的膜蛋白教程 ...

您好 我想用VMD将一个蛋白质嵌入到膜中，能不能请教一下过程
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11楼2016-03-07 16:40:44
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