应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/1返回列表
查看: 1895  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chinayhb

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型

我现在想做细胞膜嵌套蛋白质的分子模拟，可是模型建立不知道用什么方法好，希望高手指导。我试了试VMD，觉得不怎么好用啊，还要手动拖拉蛋白质分子去重叠POPC膜，这样做准确吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-02 09:12:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-02 13:42:39
chinayhb(金币+5): 2010-12-02 15:08:36
现在还没有很方便的法子。
非常依赖经验。
用vmd也不至于用手拖，可以用命令或者写脚本程序。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-12-02 13:37:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chinayhb

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-02 13:37:20:
现在还没有很方便的法子。
非常依赖经验。
用vmd也不至于用手拖，可以用命令或者写脚本程序。

用VMD的脚本命令和程序是不是可以下载到，你有吗，能不能给我传一份？
VMD的时候需要生成蛋白质的psf文件，有的原子说不能参数化是怎么回事，好像是删除后才能继续，怎么办
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-02 15:14:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
chinayhb(金币+1): 2010-12-03 08:42:34
引用回帖:
Originally posted by chinayhb at 2010-12-02 09:12:50:
我现在想做细胞膜嵌套蛋白质的分子模拟，可是模型建立不知道用什么方法好，希望高手指导。我试了试VMD，觉得不怎么好用啊，还要手动拖拉蛋白质分子去重叠POPC膜，这样做准确吗?

packmol可以吗？
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-02 15:55:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-02 22:13:36
chinayhb(金币+2): 2010-12-03 08:41:28
搜小木虫“膜蛋白”关键词，有位高人写了个用gromacs算的，内容很全
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-12-02 18:17:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-02 22:13:30
chinayhb(金币+2): 2010-12-03 08:42:46
引用回帖:
Originally posted by chinayhb at 2010-12-02 15:14:47:


用VMD的脚本命令和程序是不是可以下载到，你有吗，能不能给我传一份？
VMD的时候需要生成蛋白质的psf文件，有的原子说不能参数化是怎么回事，好像是删除后才能继续，怎么办

你到namd网站去下一个mem protein的tutorial，学了之后基本上就会了。

不能参数化是你用的参数文件中没有你的pdb中的原子类型。一个个去检查 吧
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-12-02 20:49:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chinayhb

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2010-12-02 18:17:26:
搜小木虫“膜蛋白”关键词，有位高人写了个用gromacs算的，内容很全

我怎么没找到啊，你能不能把链接给我发一下，谢谢了
赞一下 回复此楼
7楼2010-12-03 08:48:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chinayhb

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2010-12-02 18:17:26:
搜小木虫“膜蛋白”关键词，有位高人写了个用gromacs算的，内容很全

我找到那个小木虫的关于gromacs做膜蛋白的帖子了，是不是那个membraneprotein.doc文件？还是大侠你整理的啊，可是我下载不了啊，你能不能给我发一份啊，万分感谢，我邮箱是china0527yhb@163.com
赞一下 回复此楼
8楼2010-12-03 09:12:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):thank you 2010-12-03 15:30:04
引用回帖:
Originally posted by chinayhb at 2010-12-03 09:12:56:


我找到那个小木虫的关于gromacs做膜蛋白的帖子了，是不是那个membraneprotein.doc文件？还是大侠你整理的啊，可是我下载不了啊，你能不能给我发一份啊，万分感谢，我邮箱是china0527yhb@163.com

抱歉，我找了半天也没找到那个文档。。。给你个网址你自己看吧。。。
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html
另外楼上说的那个NAMD的膜蛋白教程你也可以看看，不过我看了一遍没大看懂。。。
还有楼主，我上面说的让你搜膜蛋白，不是让你搜我这个。。。我不是高人。。。有位高人专门写了个膜蛋白用gromacs做的步骤和很多脚本。。你可以看看

[ Last edited by qzhaosdu on 2010-12-3 at 12:35 ]
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2010-12-03 12:32:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-03 17:02:15
namd做膜蛋白上手比gromacs简单
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2010-12-03 16:54:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

douwenhui

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by qzhaosdu at 2010-12-03 12:32:19
抱歉，我找了半天也没找到那个文档。。。给你个网址你自己看吧。。。
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html
另外楼上说的那个NAMD的膜蛋白教程 ...

您好 我想用VMD将一个蛋白质嵌入到膜中，能不能请教一下过程
赞一下 回复此楼
11楼2016-03-07 16:40:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chinayhb 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280求调剂 +4 李rien 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:44 by imissbao
[考研] 284求调剂 +7 徐同学_001 2026-04-04 13/650 2026-04-05 17:19 by yulian1987
[考研] 304求调剂（085602，过四级，一志愿985） +15 化工人999 2026-04-04 15/750 2026-04-05 16:25 by 我是电风扇r
[考研] 材料调剂 +18 一样YWY 2026-04-02 19/950 2026-04-04 22:14 by hemengdong
[考研] 材料专硕306英一数二 +8 z1z2z3879 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:08 by hemengdong
[考研] 283分求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 21:51 by hemengdong
[考研] 一志愿武理材料工程302调剂环化或化工 +19 Doleres 2026-03-31 20/1000 2026-04-04 16:44 by 啊俊！
[考研] 280求调剂 +21 咕噜晓晓 2026-04-02 22/1100 2026-04-04 11:12 by 猪会飞
[考研] 化工调剂303分，过四级 +28 栖梧待风 2026-04-02 28/1400 2026-04-03 21:40 by qlm5820
[考研] 322求调剂 +4 FZAC123 2026-04-03 4/200 2026-04-03 20:55 by zhq0425
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358 +4 cs0106 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:41 by 百灵童888
[考研] 319求调剂 +18 太容易1018 2026-04-01 18/900 2026-04-03 11:18 by linyelide
[考研] 312求调剂 +6 小小墨123 2026-04-02 7/350 2026-04-03 07:32 by jsw79
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +20 Youth_ 2026-03-30 20/1000 2026-04-02 14:48 by 5896
[考研] 275学硕081000服从调剂到其他专业，保不住本专业了 +7 一只小小水牛 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:23 by alice-2022
[考研] 能源动力 调剂 +3 不破不立0 2026-04-02 3/150 2026-04-02 12:46 by ffffjjjj
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 00:21 by 百秒光年
[考研] 353求调剂 +4 拉钩不许变 2026-04-01 4/200 2026-04-01 18:10 by 记事本2026
[考研] 267求调剂 +13 uiybh 2026-03-31 13/650 2026-04-01 10:25 by 探123
[考研] 求调剂，一志愿北林食品与营养095500，301分，已过六级，有科研经历 +4 快乐储蓄罐 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:26 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭